# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID RNA_pol_Rpb1_2 #=GF AC PF00623.21 #=GF DE RNA polymerase Rpb1, domain 2 #=GF AU Finn RD;0000-0001-8626-2148 #=GF SE Manual #=GF GA 24.70 24.70; #=GF TC 24.80 24.70; #=GF NC 24.60 24.60; #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF RN [1] #=GF RM 8910400 #=GF RT Structural modules of the large subunits of RNA polymerase. #=GF RT Introducing archaebacterial and chloroplast split sites in the #=GF RT beta and beta' subunits of Escherichia coli RNA polymerase. #=GF RA Severinov K, Mustaev A, Kukarin A, Muzzin O, Bass I, Darst SA, #=GF RA Goldfarb A; #=GF RL J Biol Chem 1996;271:27969-27974. #=GF RN [2] #=GF RM 11313498 #=GF RT Structural basis of transcription: RNA polymerase II at 2.8 #=GF RT angstrom resolution. #=GF RA Cramer P, Bushnell DA, Kornberg RD; #=GF RL Science 2001;292:1863-1876. #=GF DR INTERPRO; IPR000722; #=GF DR SCOP; 1i50; fa; #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC RNA polymerases catalyse the DNA dependent polymerisation of #=GF CC RNA. Prokaryotes contain a single RNA polymerase compared to #=GF CC three in eukaryotes (not including mitochondrial. and #=GF CC chloroplast polymerases). This domain, domain 2, contains the #=GF CC active site. The invariant motif -NADFDGD- binds the active site #=GF CC magnesium ion [1,2]. #=GF SQ 97002 A0A4U5SMJ8.1/358-524 GKRVDFSGRTV.........I.S.P..D..P.N.LR.IDE...V.............AVPV.H.VA.....K..I......LTFP.E....K......V.......N.......K.......A.......N...I......N.......F...LR..............K....L.......V....R........N.......G.........P........E.........V...............H......P........G.........A....N..F..........I....qQ.......R.........H......T............H........M...........K.............R....F.........L.....K..Y...G....NR...eK.................MAQ..EL..K..Y..G.D.....................................................................IVE....R..HL....I..DG.....D..V.VL..F.....N..RQ......PSL...HKL.S....I............M...A..H..........L.A.........R....V..K..............PH.............R............TF..R.FN.E..CVC..................T.PY.N.AD...F...........D........G.D.E........M.N.L.........H.LP..QT...EE..AKAEALVLMG- A0A4U5SMJ8.1/1500-1666 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