# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID FAD_binding_4 #=GF AC PF01565.24 #=GF DE FAD binding domain #=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660 #=GF GA 26.4 26.4 #=GF NC 26.3 26.3 #=GF TC 26.4 26.4 #=GF SE Pfam-B_352 (release 4.0) #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF RN [1] #=GF RM 9261083 #=GF RT Crystal structures and inhibitor binding in the octameric #=GF RT flavoenzyme vanillyl-alcohol oxidase: the shape of the #=GF RT active-site cavity controls substrate specificity. #=GF RA Mattevi A, Fraaije MW, Mozzarelli A, Olivi L, Coda A, van Berkel #=GF RA WJ; #=GF RL Structure 1997;5:907-920. #=GF RN [2] #=GF RM 8805513 #=GF RT The structure of the substrate-free form of MurB, an essential #=GF RT enzyme for the synthesis of bacterial cell walls. #=GF RA Benson TE, Walsh CT, Hogle JM; #=GF RL Structure 1996;4:47-54. #=GF DR INTERPRO; IPR006094; #=GF DR SCOP; 2vao; fa; #=GF DR PROSITE; PDOC00674; #=GF DC This is only a subset of the Pfam family #=GF DR HOMSTRAD; FAD-oxidase_NC; #=GF DR HOMSTRAD; FAD_binding_4; #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC This family consists of various enzymes that use FAD as a #=GF CC co-factor, most of the enzymes are similar to oxygen #=GF CC oxidoreductase. One of the enzymes Vanillyl-alcohol oxidase #=GF CC (VAO) has a solved structure, the alignment includes the FAD #=GF CC binding site, called the PP-loop, between residues 99-110 [1]. #=GF CC The FAD molecule is covalently bound in the known structure, #=GF CC however the residue that links to the FAD is not in the #=GF CC alignment. VAO catalyses the oxidation of a wide variety of #=GF CC substrates, ranging form aromatic amines to 4-alkylphenols. #=GF CC Other members of this family include D-lactate dehydrogenase, #=GF CC this enzyme catalyses the conversion of D-lactate to pyruvate #=GF CC using FAD as a co-factor; mitomycin radical oxidase, this enzyme #=GF CC oxidises the reduced form of mitomycins and is involved in #=GF CC mitomycin resistance. This family includes MurB an #=GF CC UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase enzyme #=GF CC EC:1.1.1.158. This enzyme is involved in the biosynthesis of #=GF CC peptidoglycan [2]. #=GF SQ 48186 A0A498JSS5.1/330-468 PEFIFTPVH.D.SH.V...QAA.....V....I.........C......A....K....K...L....................R..I.H......L...R...V...R...S...G...G..........H...D..YE..GLS.Yvs.............qiETPF...........L..V..V...D.L...A..........K...LRT................-..I..S....V...DI........................................K.......SN..T....A..W..V..Q..A..G..A..T..I..G............E............L.......Y.....Y.R..I.....A............E....K.............S...K........T.......L.....................G.............F...........P......A.............G............L........C...........T...........S............L........G..........V............G....G.......H........I.........T........G...........G................A........Y......G...S...M............L..........R.........K.........Y....G...L......GA......D....N..AV......DA....R..I....I...D..FN..GKIL--- A0A498JSS5.1/839-977 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