# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID THUMP #=GF AC PF02926.18 #=GF DE THUMP domain #=GF AU Aravind L;0000-0003-0771-253X #=GF GA 20.6 20.6 #=GF NC 20.5 20.5 #=GF TC 20.6 20.6 #=GF SE Aravind L #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF RN [1] #=GF RM 11295541 #=GF RT THUMP - a predicted RNA-binding domain shared by 4-thiouridine, #=GF RT pseudouridine synthases and RNA methylases. #=GF RA Aravind L, Koonin EV; #=GF RL Trends Biochem Sci 2001;26:215-217. #=GF RN [2] #=GF RM 16343540 #=GF RT Crystal structure of Bacillus anthracis ThiI, a tRNA-modifying #=GF RT enzyme containing the predicted RNA-binding THUMP domain. #=GF RA Waterman DG, Ortiz-Lombardia M, Fogg MJ, Koonin EV, Antson AA; #=GF RL J Mol Biol. 2006;356:97-110. #=GF DR INTERPRO; IPR004114; #=GF DR SCOP; 2c5s; fa; #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC The THUMP domain is named after after thiouridine synthases, #=GF CC methylases and PSUSs [1]. The THUMP domain consists of about 110 #=GF CC amino acid residues. The structure of ThiI reveals that the #=GF CC THUMP has a fold unlike that of previously characterised #=GF CC RNA-binding domains [2]. It is predicted that this domain is an #=GF CC RNA-binding domain The THUMP domain probably functions by #=GF CC delivering a variety of RNA modification enzymes to their #=GF CC targets [1]. #=GF SQ 12859 O58378.1/17-180 KEIMELLKE.NT..V..T..IQ.E.K.PF.N.V..E....GRLLVE.V...K..E.T.....F..Y...T...D...E.K.GRK...R.....PF.EFATyln...............................ekskTLH.RVI.IEiashe...............fkgitEENP..E..K.....A..L.K.R...I...E...E....F....T.V....N....I.P..V...E...R...F..I.K.VTE.............................SF.A...V....R.A....FR..KGEH-...................................TITS.VD.I.AR.V....VGK.AI.FD.R.LSri...........................gsPIV...NL...D.H.....P......S......T....I..VRAEL.INE..AFFLGIDT Q9UYW2.1/18-181 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