# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID RgpF #=GF AC PF05045.13 #=GF DE Rhamnan synthesis protein F #=GF AU Moxon SJ;0000-0003-4644-1816 #=GF GA 25.0 25.0 #=GF NC 24.6 24.0 #=GF TC 26.4 25.0 #=GF SE Pfam-B_5448 (release 7.7) #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 12010977 #=GF RT Expression and characterization of streptococcal rgp genes #=GF RT required for rhamnan synthesis in Escherichia coli. #=GF RA Shibata Y, Yamashita Y, Ozaki K, Nakano Y, Koga T; #=GF RL Infect Immun 2002;70:2891-2898. #=GF DR INTERPRO; IPR007739; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This family consists of a group of proteins which are related to #=GF CC the Streptococcus rhamnose-glucose polysaccharide assembly #=GF CC protein (RgpF). Rhamnan backbones are found in several O #=GF CC polysaccharides of phytopathogenic bacteria and are regarded as #=GF CC pathogenic factors [1]. #=GF SQ 81 A0A1H6QWI7.1/41-547 ITVVCN.G..V.IPEAE..KQKLEK..YVDEVYERENKGFDVWAYKS.TLEHIGW.EKL.A.TYDEVILMNYTIMGPVYP..LQEMFDEMD.ARDLDYWGPTI.......................SHKTDFDPFGk.vPYGYLPD.HIQTHFLAIRRSLLMSKEFMKYWKNMPMINNYTDSVGKHEAVFTKHF.EDLGFKWDVYANSEEYRD...........YT.YQPVLVT.ALEMIRDQRLPFFKRRSFM.QN.YEI.VMD.ETVGQAAYQLME..YIDKHTNYDVNLIWDNLLRVENMADLKKNLQLNYVIPSDsYLNPENGKEH..KNKKIALIMH...MYFE.DLISECLYYAK.SMP...E.YADIYITTN.....TEQK.KKKIEE.AFSVLP....NKVDVRLS..PNRGRDVGP..FL.V.E.S...R.D..Y.IYD..YDYICHTHDKK....VG..QLK....P....G.SV.........G.....ASFSHRCFENVLRSR...E...M.VENV.IET.FENNPRMGIIMPPP.PNHS......EyFF.TL.....GL.EWGMN...........FGVTKDLAEE.LGI..HVNMDE..KKEPI.APLGSVFWARTDAL..RKIFDR.P.WTYE...DFPEEP.VA.DDGTILHAVERMYNFSAQACGY A0A3P2AJ20.1/36-541 IIFVSN.G..E.LQKDS..KERILK..IVDKVLERENSGFDVWAYKA.GIEYLGW.DKL.K.QVEELILMNFTMYGPLYP..FKEMFDKMDrNEEVDFWGITK.......................HHGFDFDPFGt.iEYGYIPE.HIQSSFIAIRNNMLNSSEFKDYWNNMPSVNSYGEAVGKHEAIFTKKF.NELGYKSEVYIKTDDLKE...........FT.HYPLMIM.PLELVKNRRCPVFKRKSFS.NE.YYE.FLN.CTLGEPTIELID..FIKNNLDYDLDLVWDNLLRVENMSDLKNRMHLNVILP-K.YYENNPSLKI..EKSKVAIMMH...IFNE.DLIDECLYYLR.NVP...K.EIDIYISTD.....TELK.EKSIKE.KMKDCH....SIFKTVLV..ENRGRDVSA..LL.V.G.F...S.A..Y.VKN..YEYVCFCHDKK....TN..QFS....P....Y.TI.........G.....KSFSYKCFENILASE...K...Y.IKNI.IEY.FRCNNRAGILMPPP.PNHA......AfYG.IT.....GT.EWGDN...........FHNTLALARE.LNI..NVNMDI..MKEPI.SPLGTMFWFRTAAL..QKLLDY.E.WKFD...YFPKEP.NA.NDGTVLHAIERLYGFASQDRGY A0A4Y9J6B2.1/34-515 IVFISN.S..S.LEKLD..EDRLKQkyLINDIIYRENIGFDFAAWRD.GMTHVGF.EEL.K.QYDSVTLMNDTCFGPLWD..ISDLFNEFEqNPTVDFWGMTN.......................FR--------...ATSQFKE.HIQSYFLSFSQRVVRSEVFQEFWMRVRNFVDVQDVINHYETQVTTNL.VEAGFTYQTVFDTTKEDAs........hmLH.PDFSYYN.PTAILTH-RVPFIKVKTI-.--.---.---.DANQHIIPYILQ..EVDQSTDYPVDLIVSHMSKINYPD-------FKYLLAHK.YIRPLDKVYS..NQKKVAVHLH...VFYV.DLLQEFLSAFE.AFS...F.QYDLFITTD.....KQEK.VDQINA.ILDTNE....KKAQVFVT..GNIGRDVFP..ML.-.Q.L...K.E..Y.LQK..YDYVGHFHTKK....SK..EAD....F....-.WA.........G.....ESWRKELIDMLIK--...-...P.ANTI.LAH.LEEKDDLGLVIADI.PTFF......R.YN.KI.....VD.AWNEHs.........mAPLMNELWQK.MGMskAIDFGT..FQTFV.MSYGTFVWFKYDAL..KPLFDL.N.LKQE...DIPREP.L-.PQNTILHAIERLLVYVAWNEQY A0A2T1A701.1/34-529 IFVVSN.S..A.LTTDG..RSKLES..VADTVYVRENVGFDVWGYKQ.AMEAFGR.DRL.A.KYDELVLMNYTFFGPVFP..FSETFETMN.RQDVDFWGITA.......................HKSMNPNPFP..gANDELPM.HIQSHWIAVRKRMFTSLEFQDYWDSMPMIHSYEDSILRHESRFTKHF.SERGFSYSVTFPPENY--...........PS.THPIFEN.ANLLLKD-RCPIVKRRLFF.HE.--P.TYL.ERNAILGRRVME..AIEA-TDYPTDLIWRNVVRSAEPRTLYTNLSLLEVLPEF.DSGYR---PE..PQPRIAVLAH...IYYE.DMVDETMSYVK.NIP...V.PYDLIVTTV.....SEDK.KRHIER.DLKPYD...aANVEVRVM.eQNRGRDMSA..LL.I.T.C...K.D..V.LLSdkYDLICRVHSKK....SP..QND....Y....-.NT.........A.....VLFKEHMFDNLLYTP...G...Y.VASI.LRL.FEDQPTLGMAFPPI.VNVG......-.YP.TL.....GH.SWFTN...........REQAEDIAEK.LGI..TTKFDR..ST-PV.APYGTMFWFRPDSL..RTLAEH.N.WTWD...DYPAEP.GH.NDGGLAHVQERLLGYAAMNEGY A0A3E2SQN6.1/34-543 LVVVVN.G..K.LTPEG..REKFSK..LSDDFFVRENVGYDVWAYHD.ALDYIGW.DEL.K.KYDELILANYTLFGPLYP..LSEAFAAME.DKKCDWWGLHRr....................yeNRSI-TTYFGkplKYGYLPE.VTLSNFWVIRKKLLHSYEFWHYWANIPPISSYIDACLYHEPTFTMTM.CDAGYTFDT-FDGESQRG...........VY.RTPTIQG.AYDQISRLKVPFVRKKAFY.DP.--N.GTL.DLASDVPQQIFK..YLAEHTEYDCDLIWENLLRTVNQYDLKNWLNLNQILPMD.YSVAKPA---..-HTAIAVIFH...AFYI.DIMERYLHNIA.AFP...E.GTDFFFTTD.....TEEK.KAELQK.LLLPYEn..rFQITYSLV..ENRGRDVSA..LL.I.G.C...R.D..V.VLSkkYDLICFMHDKKg..lGS..QSA....Y....T.YI.........G.....QSFSDCCFENIAPTA...D...Y.VNNV.VDL.FNRQTKLGIAVPPP.PKNA......D.YY.KI....iGG.SWASDa.........nYPNVQKLLSQ.LNI..SVPLDP..QKPPV.APYGTVFWFRPNAL..LPLFER.E.WRYT...DFPVEP.SA.NDGELPQAIERAYSLIAQGRGY A0A3E2SQE7.1/35-497 -FTVVN.G..E.LDKEN..YNKIAG..VSDHVYCRENVGFDVWAYKS.AMEKIGW.EQI.V.KYDELILCNYTCYGPMFP..FSEMFFEME.NRSCDFWGPVK.......................HPEQNNYLLP..nNNGYIHE.HLMSYFIVIRHKMLTSKDFQYYWEKIPPITSKTESTALHETVFTKYF.ESLGYQSDSFVDLTKYKE...........RC.NNSSIIL.ADELLIKSRCPLVKRRAFFfPP.YMD.LLN.NSLADHAINLVQ..WIRQYTNYNENLIWDDLLHTQKMSTLRNNMHLSHVIPTQ.HFYEADKKFS..--LRIVFSIYipeIFYL.DLLS---LYLK.PFV...E.KYSIYLICP.....KDEI.ELECQK.RLGMFP....QVTVIRAT.iDAENIAIGC..FN.-.A.C...R.N..Y.ILE..ADYCCCIWNYN....SI..QQD....L....R.LA.........E.....EDYCRYLFSSLIPSE...G...Y.VFNL.LAL.FEAEPRMGLAIPFK.TDFS......S.YY.SQ.....GQ.AFLLT..........rNTQYKNIFEQ.LNF..QVPFDE..GI--Y.TNLETVFWIRAAAL..DKF---.-.----...------.--.---------------------- A0A3E2SQE7.1/1185-1425 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