# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID Prominin #=GF AC PF05478.12 #=GF DE Prominin #=GF AU Moxon SJ;0000-0003-4644-1816 #=GF GA 34.3 34.3 #=GF NC 34.2 34.2 #=GF TC 34.4 34.3 #=GF SE Pfam-B_18226 (release 8.0) #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 11467842 #=GF RT Rat prominin, like its mouse and human orthologues, is a #=GF RT pentaspan membrane glycoprotein. #=GF RA Corbeil D, Fargeas CA, Huttner WB; #=GF RL Biochem Biophys Res Commun 2001;285:939-944. #=GF RN [2] #=GF RM 10587575 #=GF RT A frameshift mutation in prominin (mouse)-like 1 causes human #=GF RT retinal degeneration. #=GF RA Maw MA, Corbeil D, Koch J, Hellwig A, Wilson-Wheeler JC, Bridges #=GF RA RJ, Kumaramanickavel G, John S, Nancarrow D, Roper K, Weigmann #=GF RA A, Huttner WB, Denton MJ; #=GF RL Hum Mol Genet 2000;9:27-34. #=GF DR INTERPRO; IPR008795; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC The prominins are an emerging family of proteins that among the #=GF CC multispan membrane proteins display a novel topology. Mouse #=GF CC prominin and human prominin (mouse)-like 1 (PROML1) are #=GF CC predicted to contain five membrane spanning domains, with an #=GF CC N-terminal domain exposed to the extracellular space followed by #=GF CC four, alternating small cytoplasmic and large extracellular, #=GF CC loops and a cytoplasmic C-terminal domain [1]. The exact #=GF CC function of prominin is unknown although in humans defects in #=GF CC PROM1, the gene coding for prominin, cause retinal degeneration #=GF CC [2]. #=GF SQ 1089 A0A3Q2HVJ1.1/21-821 ---GLPSPT.KSPDVL..EFELPAM.NYETK....D-SYDAGPIGGLFQMVRVFLH.V.VQ.PN....PFP.E.D....T.L...RK..ILQ.....E.K.......F...D..I.S...A.D...YE...K.PE.S....V....ILILK..........................I.ISYE...IG.I.II....C.AVLG.LL.FIILMPL..V..G....FC.F....GL..CR.C.C.N............KCGG.E........M...H........Q....RQ....K.K....N....G..TC...L...RK.Y.FAV.S.LL..V...IC.I..LI...SIGI.VY.GF..VAN.HHL.KTRMER......T.........R..N.....L.....T...D...SN.....FKD...L.....RT...L...LH.G...............TPA...QI...DY.I....LGQ-YTT..T..K......E....RAF.SDL..DNIK.......SLL..GS..G.IHE.Q..L.....K.....P............K..V.VP..VL....E........D........IKA................M........A........E...........A.I...........KE.T.......K.......EAL.L..N.V...N...................S........TL.DQLK..KS...T..A..............QL..NT.S...L....S...KVKG.DLEQSL....ND..PVCTvp.........paA.ATCN..D.IRT.S..L..SQ..-..-.L.DY......NNNL............GQL..P....S..LDE.H.IDRVN..N..IL..R..T.....N..LSS.QV.....Q..K.G.............YKS..F..N.DI....PE....MV..QN...Q...T.T...DL...I...S................G..I.K.ST..LN....S....I.......GS......NIG........N..............I.S....KQIP..iQ.........DKLSN.F.M.....D..YI.N.........STET.Y........I.......H.R.....S.....LP.TL.E...EY...D.S......Y..R........WLG..GLVA...C.CLL.....TL.IVIFFY..LG...LLCGT.F.G...YD.Q.N.ATPTR..R..GCIS..N..TGG.VF.....L.M.V..............GVGVS.F.LFC.WI.LMAIV..V.VTFVV.G.G.NVEKLVCEPY..............QNRK...LF....Q.V...L.....D.T.P..Y.L.LNEn.....wkFYL..SGMVFN.........................................KPDINL...T.F...E.....QVY.R..DC.KE.NKGIY.ATLK...LE..N..S.............Y.N...I..S...EH.L.N...I..Q..DYT......GNIIN.....DF..E..NM.....QVN.I.....D...N..V....V.....L..LD...E....A....GR....KHL.L..DF.N.S..S.G..IDK..IDY...DA.Y.LA..A...V..N...KTP.....G.....E.L.........N....L.....SLF.ADN...LEA.KA.N..D.LPQG................................................................................NLK.Q.S.L.K.STAET...IRT.IY...H..DQVIPLEQS.M..................NTAYKTIQELKH................NSSGL..P.........ARV..TN...ILSS....LD...SAQ...DF...L.......I..K..H...V.S.S...V...I.VQ..E.M....K...KY.GNTII..GY....FEHYLQW.VKI....S....I..TEH...MAA......C.KPVATALDSAV..dVFLCSYITDPV..NLFWFG.....IGKATI.FLLPAIIFAVKLAKYYR A0A3Q2I5A7.1/21-821 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F7APW0.2/21-830 ---GLPSPT.KSPDVL..EFELPAM.NYETK....D-SYDAGPIGGLFQMVRVFLH.V.VQ.PN....PFP.E.D....T.L...RK..ILQ.....E.K.......F...D..I.S...A.D...YE...K.PE.S....V....ILILK..........................I.ISYE...IG.I.II....C.AVLG.LL.FIILMPL..V..G....FC.F....GL..CR.C.C.N............KCGG.E........M...H........Q....RQ....K.K....N....G..TC...L...RK.Y.FAV.S.LL..V...IC.I..LI...SIGI.VY.GF..VAN.HHL.KTRMER......T.........R..N.....L.....T...D...SN.....FKD...L.....RT...L...LH.G...............TPA...QI...DY.I....LGQ-YTT..T..K......E....RAF.SDL..DNIK.......SLL..GS..G.IHE.Q..L.....K.....P............K..V.VP..VL....E........D........IKA................M........A........E...........A.I...........KE.T.......K.......EAL.L..N.V...N...................S........TL.DQLK..KS...T..A..............QL..NT.S...L....S...KVKG.DLEQSL....ND..PVCTvp.........paA.ATCN..D.IRT.S..L..SQ..-..-.L.DY......NNNL............GQL..P....S..LDE.H.IDRVN..N..IL..R..T.....N..LSS.QV.....Q..K.G.............YKS..F..N.DI....PE....MV..QN...Q...T.T...DL...I...Sa.............lpC..I.K.ST..LN....S....I.......GS......NIG........N..............I.S....KQIP..iQ.........DKLSN.F.M.....D..YI.N.........STET.Y........I.......H.R.....S.....LP.TL.E...EY...D.S......Y..R........WLG..GLVA...C.CLL.....TL.IVIFFY..LG...LLCGT.F.G...YD.Q.N.ATPTR..R..GCIS..N..TGG.VF.....L.M.V..............GVGVS.F.LFC.WI.LMAIV..V.VTFVV.G.G.NVEKLVCEPY..............QNRK...LF....Q.V...L.....D.T.P..Y.L.LNEn.....wkFYL..SGMVFN.........................................KPDINL...T.F...E.....QVY.R..DC.KE.NKGIY.ATLK...LE..N..S.............Y.N...I..S...EH.L.N...I..Q..DYT......GNIIN.....DF..E..NM.....QVN.I.....D...N..V....V.....L..LD...E....A....GR....KHL.L..DF.N.S..S.G..IDK..IDY...DA.Y.LA..A...V..N...KTP.....G.....E.L.........N....L.....SLF.ADN...LEA.KA.N..D.LPQG................................................................................NLK.Q.S.L.K.STAET...IRT.IY...H..DQVIPLEQS.Mkyv............karNTAYKTIQELKH................NSSGL..P.........ARV..TN...ILSS....LD...SAQ...DF...L.......I..K..H...V.S.S...V...I.VQ..E.M....K...KY.GNTII..GY....FEHYLQW.VKI....S....I..TEH...MAA......C.KPVATALDSAV..dVFLCSYITDPV..NLFWFG.....IGKATI.FLLPAIIFAVKLAKYYR A0A3Q2I149.1/21-812 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J9NZU4.1/23-812 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O43490.1/19-820 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F1CLE8.1/27-825 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F1CLF0.1/27-813 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