# STOCKHOLM 1.0
#=GF ID   Prominin
#=GF AC   PF05478.12
#=GF DE   Prominin
#=GF AU   Moxon SJ;0000-0003-4644-1816
#=GF SE   Pfam-B_18226 (release 8.0)
#=GF GA   34.30 34.30;
#=GF TC   34.40 34.30;
#=GF NC   34.20 34.20;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   11467842
#=GF RT   Rat prominin, like its mouse and human orthologues, is a
#=GF RT   pentaspan membrane glycoprotein. 
#=GF RA   Corbeil D, Fargeas CA, Huttner WB; 
#=GF RL   Biochem Biophys Res Commun 2001;285:939-944.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   10587575
#=GF RT   A frameshift mutation in prominin (mouse)-like 1 causes human
#=GF RT   retinal degeneration. 
#=GF RA   Maw MA, Corbeil D, Koch J, Hellwig A, Wilson-Wheeler JC, Bridges
#=GF RA   RJ, Kumaramanickavel G, John S, Nancarrow D, Roper K, Weigmann
#=GF RA   A, Huttner WB, Denton MJ; 
#=GF RL   Hum Mol Genet 2000;9:27-34.
#=GF DR   INTERPRO; IPR008795;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   The prominins are an emerging family of proteins that among the
#=GF CC   multispan membrane proteins display a novel topology. Mouse
#=GF CC   prominin and human prominin (mouse)-like 1 (PROML1) are
#=GF CC   predicted to contain five membrane spanning domains, with an
#=GF CC   N-terminal domain exposed to the extracellular space followed by
#=GF CC   four, alternating small cytoplasmic and large extracellular,
#=GF CC   loops and a cytoplasmic C-terminal domain [1]. The exact
#=GF CC   function of prominin is unknown although in humans defects in
#=GF CC   PROM1, the gene coding for prominin, cause retinal degeneration
#=GF CC   [2].
#=GF SQ   2540
A0A3Q2HVJ1.1/21-821            ---GLPSPT.KSPDVL..EFELPAM.NY.ETK....D-S.YDAGPIGGLFQMVRVFLH.V.VQ.PN.........PFP.E...D....T.L...RK..ILQ.....E.K.......F........D..I.S...A.D...YE....K...........P.E.S....V....ILI.LK................................I.ISYE...IG.I.II....C..AVLG.LL.FI.ILMP.L..V..G....FC.F....GL..C..R.C.C.N............KCGG.E.............M...H........Q....RQ...........K...........K......N....G..TC......L...RK.Y.FA.V.S.LL..V...IC.I..LI.....S.........IGI.V.Y...G..F..V.AN.HHL.KTRME..R......T.........R..N.....L.......T...D...SN.....F.KD...L.....RT...L...L.H.G...............T.PA...Q..I...DY.I....LGQ.-YTT..T..K......E....RAF.S.DL..D......NIK...............SLL..G..S..G.IHE...Q..L..............K.....P............K..V..V.P..VL....E........D........I....KA................M........A........E...........A....I...........KE.......T.......K.......EA.L..L..N...V...N...................S........TL.DQL...K..K....S...T..A..............QL..N...T.S...L....S...KVK...G.DLEQSL....N.D..PVCTvp..............paA.ATC.....N..D.IRT.S..L..SQ..-..-..L.DY......N.NNL............GQL..P....S...L..D.....E.....H.ID..RV.N..N..I....L..R..T.....N..L.SS....Q.V.....Q..K.G.............YK...S..F..N.DI....P...E....MV...QN...Q........T.T...DL....I...S................G..I.K.S...T..LN....S....I.......GS......NI........G........N..............I.S..............KQ.IP..iQ.........DKL..........S....N.F...............M.....D..Y........I.N.........ST.E.T.Y........I.......H.....R.....S.....L.P...T...L.E.....E.......Y...D.S......Y..R........WLG..GL..V...A...C.CLL.....TL.IV..IFFY..LG...LLCG..T.....F.G...YD.Q.N..AT..PT...R..R..GCI..S..N..TGG.VF.....L.M..........V..............GVGV.S.F.LFC.WI.LMAI.V..V.VTFVV.G.G.NVEKLVCEPY....................QNRK...LF....Q.V...L.....D.T.P..Y.L.L..NEn......wkFYL..SGMVFN.........................................KPDINL...T.F...E.....Q...VY.R..DC.K.E..N.KG.IY.A.TLK...L............E..N...S.............Y..N...I..S......E.H...L.N......I..Q.....DYT..................GN..........IIN.....D..F..E..N..M.............QVN.I.....D....N..V....V.....L..LD...E....A....G..R....KH.L.L..DF.N...S..S...G..IDK..I..DY...D.....A.Y.LA..A...V..N...KTP.....G.....E....L.........N....L.....SLF.ADN...LEA.KA.N..D.LPQG................................................................................NLK.Q..S.L.K.STAET...IR.T.IY...H..DQV.IPL..EQS.M..................NTA.YKTIQELKH................NSSGL..P.........AR..V..T...N...IL.S...........S....LD...SAQ...DF...L.......I........K..H...V.S.S...V...I.VQ.............E.M....K...KY......GNTI.I..GY....FEHYLQW.V..K..I....S....I.......TEH...MAA......C.KPVA..TA..LDSAV..dVFLCSYITDPV..NLFWFG.....IGKATI.FL......LPAIIFAVKLAKYYR
A0A3Q2I5A7.1/21-821            ---GLPSPT.KSPDVL..EFELPAM.NY.ETK....D-S.YDAGPIGGLFQMVRVFLH.V.VQ.PN.........PFP.E...D....T.L...RK..ILQ.....E.K.......F........D..I.S...A.D...YE....K...........P.E.S....V....ILI.LK................................I.ISYE...IG.I.II....C..AVLG.LL.FI.ILMP.L..V..G....FC.F....GL..C..R.C.C.N............KCGG.E.............M...H........Q....RQ...........K...........K......N....G..TC......L...RK.Y.FA.V.S.LL..V...IC.I..LI.....S.........IGI.V.Y...G..F..V.AN.HHL.KTRME..R......T.........R..N.....L.......T...D...SN.....F.KD...L.....RT...L...L.H.G...............T.PA...Q..I...DY.I....LGQ.-YTT..T..K......E....RAF.S.DL..D......NIK...............SLL..G..S..G.IHE...Q..L..............K.....P............K..V..V.P..VL....E........D........I....KA................M........A........E...........A....I...........KE.......T.......K.......EA.L..L..N...V...N...................S........TL.DQL...K..K....S...T..A..............QL..N...T.S...L....S...KVK...G.DLEQSL....N.D..PVCTvp..............paA.ATC.....N..D.IRT.S..L..SQ..-..-..L.DY......N.NNL............GQL..P....S...L..D.....E.....H.ID..RV.N..N..I....L..R..T.....N..L.SS....Q.V.....Q..K.G.............YK...S..F..N.DI....P...E....MV...QN...Q........T.T...DL....I...S................G..I.K.S...T..LN....S....I.......GS......NI........G........N..............I.S..............KQ.IP..iQ.........DKL..........S....N.F...............M.....D..Y........I.N.........ST.E.T.Y........I.......H.....R.....S.....L.P...T...L.E.....E.......Y...D.S......Y..R........WLG..GL..V...A...C.CLL.....TL.IV..IFFY..LG...LLCG..T.....F.G...YD.Q.N..AT..PT...R..R..GCI..S..N..TGG.VF.....L.M..........V..............GVGV.S.F.LFC.WI.LMAI.V..V.VTFVV.G.G.NVEKLVCEPY....................QNRK...LF....Q.V...L.....D.T.P..Y.L.L..NEn......wkFYL..SGMVFN.........................................KPDINL...T.F...E.....Q...VY.R..DC.K.E..N.KG.IY.A.TLK...L............E..N...S.............Y..N...I..S......E.H...L.N......I..Q.....DYT..................GN..........IIN.....D..F..E..N..M.............QVN.I.....D....N..V....V.....L..LD...E....A....G..R....KH.L.L..DF.N...S..S...G..IDK..I..DY...D.....A.Y.LA..A...V..N...KTP.....G.....E....L.........N....L.....SLF.ADN...LEA.KA.N..D.LPQG................................................................................NLK.Q..S.L.K.STAET...IR.T.IY...H..DQV.IPL..EQS.M..................NTA.YKTIQELKH................NSSGL..P.........AR..V..T...N...IL.S...........S....LD...SAQ...DF...L.......I........K..H...V.S.S...V...I.VQ.............E.M....K...KY......GNTI.I..GY....FEHYLQW.V..K..I....S....I.......TEH...MAA......C.KPVA..TA..LDSAV..dVFLCSYITDPV..NLFWFG.....IGKATI.FL......LPAIIFAVKLAKYYR
F7APW0.2/21-830                ---GLPSPT.KSPDVL..EFELPAM.NY.ETK....D-S.YDAGPIGGLFQMVRVFLH.V.VQ.PN.........PFP.E...D....T.L...RK..ILQ.....E.K.......F........D..I.S...A.D...YE....K...........P.E.S....V....ILI.LK................................I.ISYE...IG.I.II....C..AVLG.LL.FI.ILMP.L..V..G....FC.F....GL..C..R.C.C.N............KCGG.E.............M...H........Q....RQ...........K...........K......N....G..TC......L...RK.Y.FA.V.S.LL..V...IC.I..LI.....S.........IGI.V.Y...G..F..V.AN.HHL.KTRME..R......T.........R..N.....L.......T...D...SN.....F.KD...L.....RT...L...L.H.G...............T.PA...Q..I...DY.I....LGQ.-YTT..T..K......E....RAF.S.DL..D......NIK...............SLL..G..S..G.IHE...Q..L..............K.....P............K..V..V.P..VL....E........D........I....KA................M........A........E...........A....I...........KE.......T.......K.......EA.L..L..N...V...N...................S........TL.DQL...K..K....S...T..A..............QL..N...T.S...L....S...KVK...G.DLEQSL....N.D..PVCTvp..............paA.ATC.....N..D.IRT.S..L..SQ..-..-..L.DY......N.NNL............GQL..P....S...L..D.....E.....H.ID..RV.N..N..I....L..R..T.....N..L.SS....Q.V.....Q..K.G.............YK...S..F..N.DI....P...E....MV...QN...Q........T.T...DL....I...Sa.............lpC..I.K.S...T..LN....S....I.......GS......NI........G........N..............I.S..............KQ.IP..iQ.........DKL..........S....N.F...............M.....D..Y........I.N.........ST.E.T.Y........I.......H.....R.....S.....L.P...T...L.E.....E.......Y...D.S......Y..R........WLG..GL..V...A...C.CLL.....TL.IV..IFFY..LG...LLCG..T.....F.G...YD.Q.N..AT..PT...R..R..GCI..S..N..TGG.VF.....L.M..........V..............GVGV.S.F.LFC.WI.LMAI.V..V.VTFVV.G.G.NVEKLVCEPY....................QNRK...LF....Q.V...L.....D.T.P..Y.L.L..NEn......wkFYL..SGMVFN.........................................KPDINL...T.F...E.....Q...VY.R..DC.K.E..N.KG.IY.A.TLK...L............E..N...S.............Y..N...I..S......E.H...L.N......I..Q.....DYT..................GN..........IIN.....D..F..E..N..M.............QVN.I.....D....N..V....V.....L..LD...E....A....G..R....KH.L.L..DF.N...S..S...G..IDK..I..DY...D.....A.Y.LA..A...V..N...KTP.....G.....E....L.........N....L.....SLF.ADN...LEA.KA.N..D.LPQG................................................................................NLK.Q..S.L.K.STAET...IR.T.IY...H..DQV.IPL..EQS.Mkyv............karNTA.YKTIQELKH................NSSGL..P.........AR..V..T...N...IL.S...........S....LD...SAQ...DF...L.......I........K..H...V.S.S...V...I.VQ.............E.M....K...KY......GNTI.I..GY....FEHYLQW.V..K..I....S....I.......TEH...MAA......C.KPVA..TA..LDSAV..dVFLCSYITDPV..NLFWFG.....IGKATI.FL......LPAIIFAVKLAKYYR
A0A3Q7SDV1.1/23-821            -----LSST.KGSDGL..EFELPAT.NY.ETK....D-S.YQAGPISVLFQIVQVFLR.V.VQ.PH.........PFP.E...D....I.L...RK..ILQ.....K.K.......F........D..F.S...T.D...YD....K...........P.E.N....V....VLT.LK................................I.IYYE...IG.I.II....C..AVLG.LL.FV.ILMP.L..V..G....FC.F....GL..C..R.C.C.N............KCGG.E.............M...H........Q....RQ...........K...........K......N....G..AF......L...RK.Y.FT.V.S.LL..V...IC.I..FI.....S.........VGI.I.Y...G..F..V.AN.HHL.RTRIE..K......T.........R..K.....L.......A...E...SN.....L.KD...L.....RT...L...L.I.G...............T.PA...Q..I...NY.V....LSQ.-YTS..T..K......E....KAF.S.DL..D......NIK...............SLL..G..G..G.IHD...Q..L..............R.....P............K..V..I.P..VL....D........D........I....KA................M........A........E...........S....I...........KE.......T.......R.......EA.L..L..N...V...N...................N........TL.KEL...K..M....S...T..A..............QL..N...T.S...L....S...DVK...R.NLEQSL....N.D..PMCSvp..............pvA.TTC.....N..N.IRM.S..L..GQ..-..-..L.DD......N.TNL............GQL..P....S...L..D.....K.....Q.ID..NI.N..N..V....L..Q..T.....D..L.SS....L.V.....Q..K.G.............YK...S..F..N.DI....P...E....MV...QN...Q........T.T...DI....I...S................D..V.K.R...T..LN....S....L.......GS......DI........E........N..............M.S..............EQ.IP..iQ.........DKL..........S....D.F...............I.....G..Y........I.N.........DT.E.T.Y........I.......H.....R.....N.....L.P...T...L.E.....E.......Y...D.S......Y..R........WLG..GL..I...V...C.CLL.....TL.IV..VFYY..LG...LMCG..T.....F.G...YD.R.H..AT..PT...R..R..GCV..S..N..TGG.IF.....L.M..........V..............GVGI.S.F.LFC.WI.LMTI.V..V.LTFVI.G.G.NMEKLVCEPY....................QNRK...LF....Q.I...L.....D.T.P..Y.L.L..NEn......wkYYL..SGMVLN.........................................KPDINL...T.F...E.....Q...VY.S..DC.K.E..N.KG.IY.S.TLK...L............E..N...T.............Y..N...I..S......E.H...L.N......I..Q.....EHS..................RN..........LSN.....D..F..K..N..M.............NVN.I.....D....N..I....V.....L..LD...A....A....G..R....KN.L.M..DF.S...S..S...G..VDT..I..DY...N.....V.Y.LA..E...M..G...KTP.....T.....K....V.........N....L.....LSF.ADD...LDT.KA.N..N.LPQG................................................................................SLK.Q..S.L.K.NNAQN...LK.T.IH...H..GQV.MPL..EQS.M..................STI.NQSIKELQH................KSSGL..R.........VK..V..A...N...IL.S...........S....LD...SAQ...DF...L.......Q........T..R...I.S.S...V...I.VK.............E.S....S...KY......GNMI.I..GY....FEHYLQW.V..K..I....S....I.......TEQ...IAA......C.KPVA..TA..LDSAV..dVFLCSYIIDPM..NLFWFG.....IGKATI.FL......LPAIIFAVKLAKYYR
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M3WLW5.3/26-828                -------ST.EGTEVL..ELELPAT.NY.ETK....D-S.YKAGPIGGLFQIVHIFLR.V.VQ.PN.........DFP.E...D....I.L...RK..ILQ.....K.K.......F........D..L.S...T.D...YE....K...........P.E.N....V....VLT.LK................................I.IYYE...IG.V.II....C..AVLG.LL.FV.ILMP.L..V..G....CC.F....GL..C..R.C.C.N............KCGG.E.............M...H........Q....RQ...........K...........K......N....G..PF......L...RK.C.FA.V.S.LL..V...IS.I..FI.....S.........IGI.I.Y...G..F..V.AN.HHL.RAQIE..K......T.........R..K.....L.......A...D...SN.....F.RD...L.....RT...L...L.N.G...............A.PA...E..I...SY.I....LSQ.-YTT..T..K......E....KAF.S.DL..D......NVK...............SLL..G..G..G.IHE...Q..L..............R.....P............K..V..I.P..AL....D........D........I....KA................M........A........E...........A....I...........KE.......T.......K.......EA.L..L..N...V...N...................N........TL.KEL...K..K....S...S..A..............QL..N...T.S...L....S...DVK...R.DLEQSL....N.D..PMCSap..............pvA.TTC.....N..N.IRT.S..L..SQ..-..-..L.DD......N.TNM............DQL..P....S...L..D.....K.....P.ID..KI.N..D..I....L..Q..T.....N..L.SS....L.V.....Q..Q.G.............YK...S..F..N.DI....P...E....MV...EN...Q........T.T...DI....I...S................D..V.K.S...T..LN....S....I.......GS......DI........E........S..............I.G..............EQ.IP..iQ.........DQL..........S....N.F...............M.....G..Y........I.N.........DT.E.T.Y........I.......R.....R.....N.....L.P...T...L.E.....E.......Y...D.S......Y..R........WLG..GL..V...V...C.CLL.....TL.VV..IFYY..LG...LLCG..T.....C.G...YD.R.N..AT..PT...R..R..GCV..S..N..TGG.IF.....L.M..........V..............GAGV.S.F.LIC.WI.LMTI.V..V.LTFVV.G.A.NVEKLLCEPY....................QNRK...LF....Q.V...L.....D.T.P..Y.L.L..NEn......wkHYL..SGMVFN.........................................KPDINL...T.F...E.....Q...VY.S..DC.K.E..N.KG.IY.G.TLK...L............E..N...S.............Y..N...I..S......E.H...L.N......I..Q.....EHA..................GN..........ISN.....D..F..Q..N..M.............KVN.I.....D....N..I....V.....L..LD...E....A....G..R....KN.L.M..DF.S...F..S...G..IDA..I..NY...N.....I.Y.LA..E...L..S...KAP.....T.....K....G.........N....L.....LSF.ADD...LEV.KA.N..H.LPHG................................................................................SLK.Q..S.L.K.NNAQT...IR.T.IH...R..SEV.IPL..EQS.Mkyg............karSSV.YQSIKELQQ................KSSGL..G.........MK..V..T...N...TL.S...........S....LD...SAQ...DF...L.......T........T..R...I.S.S...V...I.VE.............E.S....Q...KY......GNTI.V..GY....FERYLQW.V..K..I....S....I.......TEK...IAA......C.KPVA..TA..LDSAV..dVFLCSYIIDPM..NLFWFG.....IGKATV.FL......LPALIFAVKLAKHYR
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