# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID RusA #=GF AC PF05866.12 #=GF DE Endodeoxyribonuclease RusA #=GF AU Moxon SJ;0000-0003-4644-1816 #=GF GA 22.8 22.8 #=GF NC 22.7 22.7 #=GF TC 22.8 22.9 #=GF SE Pfam-B_8996 (release 8.0) #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 8648624 #=GF RT Holliday junction resolvases encoded by homologous rusA genes in #=GF RT Escherichia coli K-12 and phage 82. #=GF RA Mahdi AA, Sharples GJ, Mandal TN, Lloyd RG; #=GF RL J Mol Biol 1996;257:561-573. #=GF RN [2] #=GF RM 7813450 #=GF RT Processing of intermediates in recombination and DNA repair: #=GF RT identification of a new endonuclease that specifically cleaves #=GF RT Holliday junctions. #=GF RA Sharples GJ, Chan SN, Mahdi AA, Whitby MC, Lloyd RG; #=GF RL EMBO J 1994;13:6133-6142. #=GF DR INTERPRO; IPR008822; #=GF DR SCOP; 1q8r; fa; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This family consists of several bacterial and phage Holliday #=GF CC junction resolvase (RusA) like proteins. The RusA protein of #=GF CC Escherichia coli is an endonuclease that can resolve Holliday #=GF CC intermediates and correct the defects in genetic recombination #=GF CC and DNA repair associated with inactivation of RuvAB or RuvC #=GF CC [1,2]. #=GF SQ 2188 F3YCQ5.1/7-134 PFNPVA....TPR.P.S...IKR...........TKTg............iLTYY.T..EK.......Y.ATYLEE.V.SN..YLS.....D...H....Q.L....I...N.....DDFYQti.................aceMGVV...MEVD.FFIQRAKNQ....KKVN.T.IL.R-----..........................TYAPD..I.DN.L....L....KGAMDCI................FNQSKIKD..S..C...V.V.GV.IA.F.......KY.N....T...I...N..nA..RTEIRL- F3YCQ5.1/160-289 PFNPVA....TPR.P.G...VKR...........TKTg............iLTYY.P..KK.......Y.QDYKTA.M.KT..YIE.....D...Q....E.M....Y...N.....QDFFQvi.................qssFGMI...AEID.YFCQMAKNQ....RKLE.K.LM.K-----..........................VTAPD..I.DN.L....V....KGTLDSI...............fHYGLPIKD..S..R...V.V.GL.IA.Y.......KF.N....T...L...K..nP..HTEVRIR A0A4D6AR20.1/10-154 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PIEPKP....QTR.P.K...FSK...........FGT..............--YE.D..PK.......M.KRWRKE.V.SG..WIE.....K...N....Y.-....-...D.....GPFFD......................DCIK...VEVT.FYMKAPKTL....SKEP.T.QR.SKGKTIqiyqnf.............vreliwhAKKPD..I.DN.L....I....KAVFDSIsdagy......driqkSGIVWSDD..N..I...V.C.DL.RA.K.......KK.Y....S...Q...N...P..RIKVRIE A0A4D6AID3.1/10-154 PIEPKP....QTR.P.K...FSK...........FGT..............--YE.D..PK.......M.KKWRKE.V.SG..WIE.....K...N....Y.-....-...D.....GPFFD......................DCIK...VEVT.FYMKAPKTL....SKEP.T.QR.SKDKTIqiyqnf.............vreliwhAKKPD..I.DN.L....I....KAVFDSIsdagy......driqkSGIVWSDD..N..I...V.C.DL.RA.K.......KK.Y....S...Q...N...P..RIKVRIE A0A1T4YGY1.1/9-132 PGEPKA....KAR.P.R...MST...........KTG..............IAYT.P..KE.......T.IQYENW.V.KT..CFI.....E...Q....G.-....-...-.....GNKID......................GQIS...AKIT.AYYSIPKST....SKKK.R.EE.MLKGKIr........................pVKKPD..V.DN.I....V....KSILDSL................NKIAYDDD..S..Q...V.V.KC.DV.E.......KF.Y....D...E...N...P..RVEVEL- D5CT73.1/9-137 PGTPVG....KGR.P.K...FAR...........RGKf............vTTYT.P..EK.......T.ASYENL.V.KL..AAA.....K...A....M.-....D...G.....RQPID......................GAAQ...VSIW.LWVTPPASW....SQKK.Q.RQ.ALAHEIf........................pTTKPD..M.DN.V....V....KGIFDAM................NEIVWQDD..K..Q...V.I.DL.SC.Y.......KR.Y....S...E...T...A..RAEVKIT A0A0J5GHJ2.1/10-138 PGTPVG....KGR.P.R...VST...........RGGk...........faRMYT.P..EK.......T.ASYENL.V.AL..AAQ.....E...A....M.-....V...G.....RNLID......................GPVD...VELV.ILLPVPASW....SKKK.Q.AA.ALQGQVy........................pTKKPD..I.DN.V....E....KAIFDAI................NGVVWHDD..V..Q...V.C.DV.SK.R.......KR.Y....A...E...V...P..GVHVVV- I7K5S8.1/8-131 PGEPRA....KAR.P.R...IST...........KTG..............IAYT.P..KG.......T.IQYENW.V.KT..CFM.....E...Q....D.-....-...-.....GKKID......................GQIS...AKIT.AYYSIPKST....SKKK.R.EE.MLQGKIr........................pVKKPD..V.DN.I....V....KSILDSL................NKIAYDDD..S..Q...V.V.KC.DV.E.......KF.Y....D...D...N...P..RVEVEL- A0A175A224.1/7-135 -GEPVA....KGR.P.K...FSR...........QGNf............vRSYT.P..TK.......T.TNYENL.V.KL..SYA.....E...A....C.R....G...L.....NNPLE......................GEVS...MRID.AFFSIPKST....SKKK.R.EL.MNTGLIn........................hTKRPD..A.DN.L....A....KAICDAL................NKVAYADD..S..Q...V.V.HL.EV.N.......KY.Y....S...D...I...P..RVEITIE D4N1J6.1/10-136 -GEPTG....KGR.P.R...FNT...........QSG..............RAYT.P..KK.......T.VNYETW.V.KM..EYC.....R...Q....C.S....D...Y.....KFPDD......................AMIE...MEIT.AYYQIAKSD....SKKK.K.QM.KLDNMIr........................pTKKPD..M.DN.I....V....KIIADPL................NGIAYHDD..S..Q...I.V.NC.SI.K.......KF.F....S...D...Q...P..RVEVKIR A0A0L0WED4.1/7-130 PGEPKS....KAR.H.R...TTK...........TGI..............-AYT.P..KK.......T.TEYENW.V.RQ..CYC.....I...K....H.-....-...R.....DKRLT......................GQIR...AEIK.AYFTIPKST....SKKK.R.IE.MINKNIr........................pTKKPD..T.DN.I....A....KIVLDSL................NSIAFDDD..K..Q...V.V.EL.NV.Q.......KF.Y....S...E...N...P..RVEVEL- A0A4V3EVB7.1/8-130 PGRPMG....KQR.P.R...VMK...........SGI..............-TFT.P..KE.......T.ISYENL.V.KM..VYM.....Q...S....G.-....-...-.....SKMFE......................GPIK...MRII.AYYEIPKST....SKKK.A.EL.MRAHIEr........................pTKKPD..V.DN.I....V....KIICDAL................NKVAYHDD..S..Q...I.V.SC.EI.Q.......KY.Y....S...D...N...P..RVEVEI- A0A4D6A6R3.1/7-143 PIEPKP....QSR.P.R...FSK...........WGT..............--YE.D..PK.......M.MKWRKE.V.TN..YII.....Q...N....Y.-....-...D.....GDYFD......................GAIS...VDVT.FYMKAPQSL....SKEP.T.QR.AKATTKekfskf.............ineliwhDKKPD..I.DN.L....I....KAVFDSIs..............kAEIVWKDD..N..L...V.C.DL.HA.R.......KL.Y....S...P...N...P..RIEMEIK R5PTC9.1/8-134 PGKVVG....KER.P.R...VNM...........YTG..............RVYT.P..NK.......T.KEYETL.I.QQ..YFK.....I...S....Y.-....P...M.....AEMLE......................GRVH...IDII.AYLKIPKGT....SKAK.T.TQ.MLEGNMs........................pTQKPD..V.DN.I....A....KSVLDAM................NKVAFKDD..N..Q...V.T.KI.SV.E.......KR.F....S...Q...E...E..KVEIRIE A0A3P1V5M0.1/7-150 -IEPKP....QSR.P.R...FSK...........WGT..............--YE.D..KK.......T.KAWRKE.C.AG..LIE.....R...N....Y.-....-...D.....GPFYD......................GPVK...VDVT.FYMKAPESI....SKEP.T.KR.ARENTWakfkaf.............vnelmwhFKKPD..L.DN.L....V....KALFDSIsnagy......skidkKGIVWSDD..S..L...V.C.DL.HA.R.......KL.Y....S...P...N...P..RIEIEIE A0A4D6A9H7.1/10-154 PVEPKP....QTR.P.K...FSK...........WGT..............--YE.D..PK.......M.KKWRKQ.V.TG..WIE.....K...N....Y.-....-...N.....GPFFD......................NCVK...VDVT.FYMRAPQTL....IKEP.T.AR.SKSKTVqiyqkf.............ineliwhVKKPD..I.DN.L....V....KAVFDSIsdagy......dkiqkSGIVWSDD..N..I...V.C.DL.RA.T.......KK.Y....S...P...N...P..RIKVKIE A0A4D6B9X9.1/10-154 PVEPKP....QTR.P.K...FSK...........WGT..............--YE.D..PK.......M.KKWRKQ.V.TG..WIE.....K...N....Y.-....-...N.....GPFFD......................NCVK...VDVT.FYMRAPQTL....IKEP.T.AR.SKSKTVqiyqkf.............ineliwhVKKPD..I.DN.L....V....KAVFDSIsdagy......dkiqkSGIVWSDD..N..I...V.C.DL.RA.T.......KK.Y....S...P...N...P..RIKVKIE R7GJW3.1/7-132 PGKITG....KAR.P.R...VNT...........LTG..............RAYT.P..GN.......T.KDYEML.I.KQ..YFK.....V...K....Y.-....P...R.....YETLE......................GRII...IKIE.AYFEPPKST....SKKQ.T.EQ.MLENKIs........................pTKKPD..I.DN.I....I....KIVLDAL................NKMAFRDD..S..Q...V.T.KI.EV.E.......KI.Y....G...P...V...E..KIKVKI- K5ACP2.1/8-133 -GDPVA....QGR.P.K...FST...........AGGf............pRAYD.P..KK.......S.RDFKDY.V.KL..AAS.....E...H....A.P....-...-.....DELIT......................EPLR...LEVT.FYRQMPKSF....SKKK.A.VE.AEEGRLl........................pVTKPD..I.DN.Y....L....KAVKDAL................NGVIWRDD..S..C...V.T.DV.SM.K.......KR.Y....S...S...K...P..RIEISI- 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A0A0M1IT73.1/6-130 PGEPKG....KAR.P.R...MST...........KTG..............VAYT.P..KK.......T.VEYENW.V.KE..CYL.....L...T....K.-....-...D.....KKRLE......................GPIR...ADMK.VFCLIPKST....SKKK.R.EE.MIKGNIr........................pTKKPD..V.DN.I....A....KIILDSL................NVIAYDDD..K..Q...I.V.NC.CI.E.......KW.Y....G...E...E...P..RVELDL- A0A142D5D3.1/8-133 -GEPVA....QGR.P.R...ATT...........VNGr............vRMYD.P..KK.......S.RDFKHY.L.KL..AAS.....K...H....R.P....-...-.....KQLIE......................GPIS...LEVK.VYKPTLKSF....SKKK.K.AA.AEAGQLr........................pTTKPD..V.DN.Y....V....KGVKDAL................KNVIWKDD..S..Q...V.V.DL.HI.S.......KW.Y....S...E...T...P..RVEITI- C4ZCC2.1/13-142 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