# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID BRCA-2_helical #=GF AC PF09169.11 #=GF DE BRCA2, helical #=GF AU Sammut SJ;0000-0003-4472-904X #=GF SE pdb_1iyj #=GF GA 25.00 25.00; #=GF TC 25.10 25.00; #=GF NC 24.90 24.80; #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF WK BRCA2 #=GF RN [1] #=GF RM 12228710 #=GF RT BRCA2 function in DNA binding and recombination from a #=GF RT BRCA2-DSS1-ssDNA structure. #=GF RA Yang H, Jeffrey PD, Miller J, Kinnucan E, Sun Y, Thoma NH, Zheng #=GF RA N, Chen PL, Lee WH, Pavletich NP; #=GF RL Science 2002;297:1837-1848. #=GF DR INTERPRO; IPR015252; #=GF DR SCOP; 1iyj; fa; #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC Members of this family adopt a helical structure, consisting of #=GF CC a four-helix cluster core (alpha 1, alpha 8, alpha 9, alpha 10) #=GF CC and two successive beta-hairpins (beta 1 to beta 4). An approx. #=GF CC 50-amino acid segment that contains four short helices (alpha 2 #=GF CC to alpha 4), meanders around the surface of the core structure. #=GF CC In BRCA2, the alpha 9 and alpha 10 helices pack with BRCA-2_OB1 #=GF CC (Pfam:PF09103) through van der Waals contacts involving #=GF CC hydrophobic and aromatic residues, and also through side-chain #=GF CC and backbone hydrogen bonds. The domain binds the 70-amino acid #=GF CC DSS1 (deleted in split-hand/split foot syndrome) protein, which #=GF CC was originally identified as one of three genes that map to a #=GF CC 1.5-Mb locus deleted in an inherited developmental malformation #=GF CC syndrome [1]. #=GF SQ 1340 A0A4X2LXI7.1/267-453 IENLQNAREMQD..MRIKK.KQT....QQ....IHP..Q.AGSL.YL.T.K.T.S.TIPRISLK..I.A.V.E.G..R.V.P.........SPYSS...KQ.....LY.....MYGVSK.Q.CLSINS.KNA...ESF.KF...HSQDYFSK..E...Y.LLDG...NG....I.....Q..L....AD...GGW..........L.IPT...D..E.G...K......LGK.EEFYR.........A.......LCDTP...GVD...PKL.ITKTWVYNHYRWIIWKLAA..............M..............E....F.....T.F.P.....K.....E....F...A...S....R...............C....L...TP...E......RVLLQLKY.R............YDIEIDKS G1PNI9.1/2431-2616 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