# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID HtrL_YibB #=GF AC PF09612.11 #=GF DE Bacterial protein of unknown function (HtrL_YibB) #=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588 #=GF GA 24.1 24.1 #=GF NC 24.0 24.0 #=GF TC 24.1 24.1 #=GF SE TIGRFAMs #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 8157607 #=GF RT Molecular analysis of the rfaD gene, for heptose synthesis, and #=GF RT the rfaF gene, for heptose transfer, in lipopolysaccharide #=GF RT synthesis in Salmonella typhimurium. #=GF RA Sirisena DM, MacLachlan PR, Liu SL, Hessel A, Sanderson KE; #=GF RL J Bacteriol. 1994;176:2379-2385. #=GF DR INTERPRO; IPR011735; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC The protein from this rare, uncharacterized protein family is #=GF CC designated HtrL or YibB in E. coli, where its gene is found in a #=GF CC region of LPS core biosynthesis genes [1]. Homologues are found #=GF CC in Shigella flexneri, Campylobacter jejuni, and Caenorhabditis #=GF CC elegans only. The htrL gene may represent an insertion to the #=GF CC LPS core biosynthesis region, rather than an LPS biosynthetic #=GF CC protein. #=GF SQ 188 G0P9P4.1/462-728 REVTLVTGF..LDIG....R...G....DW..D..M.YR............RPLETYHQFMETLL..T..L..EN..NF.......VVF.T.D.D.S.S.Y.D...F.V.I.K.TRTRL.G......LL...HK..........T..K.VYN...I.TL.NDLP.LY.G.Y....I..N..EAK.KIIN.D.EL.NNATFYRT.I..A..D...VD..M.K.THPES...M..S.AEYNIVVNSKTYFLHNVT..ME...N..P...FN...S..E..HFVWLDAG....Y....G.H.....A....N.......E....N...F....F...P....Y....N....YN......W...K.....P....A.......L.P.....D.....G.....K.IS...L.....IK....V....T..P..N.F..D.DL...ST.Y.D.IK.KLY....RK.N...V.A.....LIS.G.GFIA.GDKH.S.I.GQ.LHS.IIHR.KF.IQ.LIY.QN.H.V..D..DDQ.T.L.LVLAVNS.F.PQ.........L.........FHV......IH..GD.WFDAFRLFAA A8Y4F1.2/518-784 RDVTIVTGF..LDIG....R...G....EW..D..V.YR............RPLETYHQFMETLL..T..L..QN..NF.......VVF.T.D.D.S.T.Y.D...F.V.V.K.TRTKL.G......LM...EK..........T..K.IHK...I.TL.NDLP.LY.G.Y....I..N..EAR.KIIS.D.EL.KNETFYRT.V..A..D...LD..M.R.THPES...I..S.AEYNIVVNSKTHFLHNVT..ME...N..P...FN...S..E..HFVWFDAG....Y....G.H.....A....N.......E....N...H....F...P....Y....N....YY......W...R.....P....A.......L.P.....D.....G.....K.IS...L.....IK....V....T..P..E.F..D.GL...SD.Y.D.LS.RLY....RK.N...V.A.....LLS.G.GFIS.GDKH.S.I.GQ.LHS.IIHR.KF.IQ.LIY.QN.R.I..D..DDQ.T.L.LTLAVNS.F.PQ.........L.........FHV......IR..GD.WFDAFRLFAS G5EDH2.1/463-729 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