# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID HtrL_YibB #=GF AC PF09612.11 #=GF DE Bacterial protein of unknown function (HtrL_YibB) #=GF AU TIGRFAMs; #=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588 #=GF SE TIGRFAMs #=GF GA 24.10 24.10; #=GF TC 24.10 24.10; #=GF NC 24.00 24.00; #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 8157607 #=GF RT Molecular analysis of the rfaD gene, for heptose synthesis, and #=GF RT the rfaF gene, for heptose transfer, in lipopolysaccharide #=GF RT synthesis in Salmonella typhimurium. #=GF RA Sirisena DM, MacLachlan PR, Liu SL, Hessel A, Sanderson KE; #=GF RL J Bacteriol. 1994;176:2379-2385. #=GF DR INTERPRO; IPR011735; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC The protein from this rare, uncharacterized protein family is #=GF CC designated HtrL or YibB in E. coli, where its gene is found in a #=GF CC region of LPS core biosynthesis genes [1]. Homologues are found #=GF CC in Shigella flexneri, Campylobacter jejuni, and Caenorhabditis #=GF CC elegans only. The htrL gene may represent an insertion to the #=GF CC LPS core biosynthesis region, rather than an LPS biosynthetic #=GF CC protein. #=GF SQ 757 G0P9P4.1/462-728 REVTLVTGF..LD.IG....R...G....DW.....D...M.Y..R............RPL.E.TY..HQ.FME.T.LL..T...L..EN..NF.......VVF.T.D.D.S.S.Y.D...F.V.I.K.TRT.RL.G......LL...HK..........T..K.VY.N...I.TL.ND.LP...L.Y.G.Y....I..N..EA.K.KI.I....N.D.......EL.N..NA.T.FYRT.I..A..D...VD..M.K.T..HPES...M..S.AEYNI.VV.NSKTYFLHNVT..ME...N..P....F....N...S..E......HF..VWLDAG....Y....G....H......A....N.......E....N...F.....F...P....Y....N....YN......W......K.....P......A.......L......P......D.....G.....K.IS...L.....I....K....V....T..P........N.....F..D...D....L...ST.Y.D......I.K.K...LY....R.K.N...................V.A.....L...IS..G.G...............FIA.GDKH.S.I.GQ.L.HS.IIHR.K.F.IQ.LI.Y.Q.N.H.V..D..DDQ.T.L.LVLAVNS...F.PQ.........L.........FHV........IH..G.D.WFDAFRLFAA A8Y4F1.2/518-784 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