# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID DUF3456 #=GF AC PF11938.9 #=GF DE TLR4 regulator and MIR-interacting MSAP #=GF AU Assefa S;0000-0003-2178-533X #=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588 #=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660 #=GF SE PFAM-B_1799 (release 23.0) #=GF GA 21.10 21.10; #=GF TC 21.10 21.10; #=GF NC 21.00 21.00; #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 16338228 #=GF RT A molecule that is associated with Toll-like receptor 4 and #=GF RT regulates its cell surface expression. #=GF RA Konno K, Wakabayashi Y, Akashi-Takamura S, Ishii T, Kobayashi M, #=GF RA Takahashi K, Kusumoto Y, Saitoh S, Yoshizawa Y, Miyake K; #=GF RL Biochem Biophys Res Commun. 2006;339:1076-1082. #=GF RN [2] #=GF RM 17998391 #=GF RT A protein associated with Toll-like receptor (TLR) 4 (PRAT4A) is #=GF RT required for TLR-dependent immune responses. #=GF RA Takahashi K, Shibata T, Akashi-Takamura S, Kiyokawa T, #=GF RA Wakabayashi Y, Tanimura N, Kobayashi T, Matsumoto F, Fukui R, #=GF RA Kouro T, Nagai Y, Takatsu K, Saitoh S, Miyake K; #=GF RL J Exp Med. 2007;204:2963-2976. #=GF RN [3] #=GF RM 18780723 #=GF RT A single base mutation in the PRAT4A gene reveals differential #=GF RT interaction of PRAT4A with Toll-like receptors. #=GF RA Kiyokawa T, Akashi-Takamura S, Shibata T, Matsumoto F, Nishitani #=GF RA C, Kuroki Y, Seto Y, Miyake K; #=GF RL Int Immunol. 2008;20:1407-1415. #=GF DR INTERPRO; IPR021852; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This family of proteins, found from plants to humans, is PRAT4 #=GF CC (A and B), a Protein Associated with Toll-like receptor 4. The #=GF CC Toll family of receptors - TLRs - plays an essential role in #=GF CC innate recognition of microbial products, the first line of #=GF CC defence against bacterial infection [1]. PRAT4A influences the #=GF CC subcellular distribution and the strength of TLR responses and #=GF CC alters the relative activity of each TLR. PRAT4B regulates TLR4 #=GF CC trafficking to the cell surface and the extent of its expression #=GF CC there [2][3]. TLR4 recognizes lipopolysaccharide (LPS), one of #=GF CC the most immuno-stimulatory glycolipids constituting the outer #=GF CC membrane of the Gram-negative bacteria. This family #=GF CC has also been described as a SAP-like MIR-interacting protein #=GF CC family. #=GF SQ 1889 #=GS A0A091UZ28_NIPNI/42-84 AC A0A091UZ28.1 #=GS CNPY3_XENTR/27-187 AC Q5HZV5.2 #=GS U4UR88_DENPD/32-178 AC U4UR88.1 #=GS F6SV63_ORNAN/131-288 AC F6SV63.2 #=GS A0A2C9TZ85_MANES/27-158 AC A0A2C9TZ85.1 #=GS W5NAD1_LEPOC/48-206 AC W5NAD1.1 #=GS G1KEF9_ANOCA/35-193 AC G1KEF9.2 #=GS A0A384AZ82_BALAS/45-102 AC A0A384AZ82.1 #=GS A0A287T936_HORVV/18-153 AC A0A287T936.1 #=GS A0A3Q7UYD4_VULVU/45-102 AC A0A3Q7UYD4.1 #=GS A0A0E0JUP1_ORYPU/35-176 AC A0A0E0JUP1.1 #=GS A0A0V0SAA3_9BILA/853-908 AC A0A0V0SAA3.1 #=GS A0A3B3CXR9_ORYME/32-191 AC A0A3B3CXR9.1 #=GS A0A2K6EP11_PROCO/1-113 AC A0A2K6EP11.1 #=GS A0A2G8L9A1_STIJA/42-184 AC A0A2G8L9A1.1 #=GS F7CVV4_XENTR/15-157 AC F7CVV4.1 #=GS B3H661_ARATH/24-118 AC B3H661.1 #=GS A0A0V1PM97_9BILA/1520-1574 AC A0A0V1PM97.1 #=GS A0A445I564_GLYSO/23-99 AC A0A445I564.1 #=GS A0A369RU82_9METZ/99-141 AC A0A369RU82.1 #=GS A0A182L200_9DIPT/87-148 AC A0A182L200.1 #=GS A0A1A6HNS0_NEOLE/45-101 AC A0A1A6HNS0.1 #=GS A0A3P8NPR1_ASTCA/31-180 AC A0A3P8NPR1.1 #=GS H0YI18_HUMAN/7-69 AC H0YI18.1 #=GS B5XFE5_SALSA/29-175 AC B5XFE5.1 #=GS A0A0V0U3N1_9BILA/121-273 AC A0A0V0U3N1.1 #=GS A0A059BQF2_EUCGR/48-188 AC A0A059BQF2.1 #=GS A0A452RS82_URSAM/50-208 AC A0A452RS82.1 #=GS A0A2K5ZP91_MANLE/47-205 AC A0A2K5ZP91.1 #=GS B0WLK3_CULQU/39-186 AC B0WLK3.1 #=GS A0A182JRC3_9DIPT/42-188 AC A0A182JRC3.1 #=GS A0A1I8JMN8_9PLAT/74-206 AC A0A1I8JMN8.1 #=GS A0A2V0P7F2_9CHLO/28-189 AC A0A2V0P7F2.1 #=GS A0A182P4A7_9DIPT/41-187 AC A0A182P4A7.1 #=GS A0A0V0VCR2_9BILA/1271-1368 AC A0A0V0VCR2.1 #=GS A0A3B3RZH6_9TELE/27-186 AC A0A3B3RZH6.1 #=GS A0A0D9RGG3_CHLSB/47-205 AC A0A0D9RGG3.1 #=GS A0A0V1BJY5_TRISP/1324-1379 AC A0A0V1BJY5.1 #=GS G3HJV0_CRIGR/1-97 AC G3HJV0.1 #=GS A0A4D9EL54_9SAUR/92-134 AC A0A4D9EL54.1 #=GS A0A2K5YTF8_MANLE/48-177 AC A0A2K5YTF8.1 #=GS A0A091FV40_9AVES/42-84 AC A0A091FV40.1 #=GS A0A3S4QFV5_9ACAR/46-205 AC A0A3S4QFV5.1 #=GS A0A2K5NLA2_CERAT/45-102 AC A0A2K5NLA2.1 #=GS A0A084WFX6_ANOSI/41-187 AC A0A084WFX6.1 #=GS A0A2T7F0Y4_9POAL/33-174 AC A0A2T7F0Y4.1 #=GS Q7Q3P0_ANOGA/2-63 AC Q7Q3P0.3 #=GS A0A3Q7GCI8_SOLLC/63-203 AC A0A3Q7GCI8.1 #=GS A0A182V1N3_ANOME/34-194 AC A0A182V1N3.1 #=GS G1PJS7_MYOLU/48-206 AC G1PJS7.1 #=GS A7TAT4_NEMVE/1-37 AC A7TAT4.1 #=GS A0A2C9KJ83_BIOGL/46-105 AC A0A2C9KJ83.1 #=GS A0A0V1BKQ6_TRISP/1309-1364 AC A0A0V1BKQ6.1 #=GS A0A182NGI8_9DIPT/46-105 AC A0A182NGI8.1 #=GS H2UGV7_TAKRU/29-187 AC H2UGV7.2 #=GS A0A0D9QYR0_CHLSB/27-171 AC A0A0D9QYR0.1 #=GS A0A226DFM5_FOLCA/40-102 AC A0A226DFM5.1 #=GS A0A1A9X3Q9_9MUSC/31-177 AC A0A1A9X3Q9.1 #=GS A0A226NLY9_CALSU/1-81 AC A0A226NLY9.1 #=GS A0A3Q1JW99_ANATE/40-182 AC A0A3Q1JW99.1 #=GS M0S0V4_MUSAM/34-174 AC M0S0V4.1 #=GS A0A1V4KB22_PATFA/29-187 AC A0A1V4KB22.1 #=GS A0A3P6UUC9_LITSI/59-193 AC A0A3P6UUC9.1 #=GS M4F1J2_BRARP/24-163 AC M4F1J2.1 #=GS W5Q6K4_SHEEP/47-176 AC W5Q6K4.1 #=GS G1KKQ7_ANOCA/36-180 AC G1KKQ7.2 #=GS A0A1I8ETI9_WUCBA/45-146 AC A0A1I8ETI9.1 #=GS A0A402F157_9SAUR/86-218 AC A0A402F157.1 #=GS A0A3B4UDH5_SERDU/35-94 AC A0A3B4UDH5.1 #=GS A0A452H4R9_9SAUR/83-126 AC A0A452H4R9.1 #=GS A0A3P9P5Z7_POERE/29-178 AC A0A3P9P5Z7.1 #=GS A0A0V1HB77_9BILA/782-847 AC A0A0V1HB77.1 #=GS A0A084WHA9_ANOSI/101-145 AC A0A084WHA9.1 #=GS H1A4U9_TAEGU/10-76 AC H1A4U9.1 #=GS A0A226PNM9_COLVI/36-94 AC A0A226PNM9.1 #=GS A0A401Q2X9_SCYTO/1-107 AC A0A401Q2X9.1 #=GS B4LP39_DROVI/30-176 AC B4LP39.2 #=GS B8AGI0_ORYSI/32-173 AC B8AGI0.1 #=GS A0A3B3ZSI4_9GOBI/9-113 AC A0A3B3ZSI4.1 #=GS H2LVG0_ORYLA/29-177 AC H2LVG0.2 #=GS A0A2K6PPL9_RHIRO/1-136 AC A0A2K6PPL9.1 #=GS W2NNK8_PHYPR/47-106 AC W2NNK8.1 #=GS N6U7A2_DENPD/94-139 AC N6U7A2.1 #=GS A0A482VER3_9CUCU/29-174 AC A0A482VER3.1 #=GS H0V8E3_CAVPO/45-103 AC H0V8E3.1 #=GS L1JIU6_GUITC/35-177 AC L1JIU6.1 #=GS A0A368GY95_ANCCA/84-134 AC A0A368GY95.1 #=GS A0A182F6A9_ANOAL/41-187 AC A0A182F6A9.1 #=GS A0A3Q0EBH8_TARSY/47-230 AC A0A3Q0EBH8.1 #=GS A0A0V1PLV6_9BILA/1253-1318 AC A0A0V1PLV6.1 #=GS A0A340XQ66_LIPVE/48-177 AC A0A340XQ66.1 #=GS L5JLM4_PTEAL/52-210 AC L5JLM4.1 #=GS A0A2K5YDX6_MANLE/12-154 AC A0A2K5YDX6.1 #=GS F6XUI1_HORSE/36-195 AC F6XUI1.2 #=GS C1FFA2_MICCC/31-175 AC C1FFA2.1 #=GS A0A2D0R8S0_ICTPU/29-188 AC A0A2D0R8S0.1 #=GS A0A3Q7W451_URSAR/27-171 AC A0A3Q7W451.1 #=GS G3Q6M0_GASAC/32-191 AC G3Q6M0.1 #=GS F6SXW0_MONDO/45-204 AC F6SXW0.1 #=GS G1P6E4_MYOLU/45-103 AC G1P6E4.1 #=GS H0WBZ3_CAVPO/27-171 AC H0WBZ3.1 #=GS A0A2G3CQS3_CAPCH/30-170 AC A0A2G3CQS3.1 #=GS A0A024TC80_9STRA/57-128 AC A0A024TC80.1 #=GS W4XB26_STRPU/39-98 AC W4XB26.1 #=GS A0A2Y9PG54_DELLE/1-83 AC A0A2Y9PG54.1 #=GS F7IC05_CALJA/45-102 AC F7IC05.2 #=GS Q9VVW7_DROME/35-196 AC Q9VVW7.2 #=GS A0A287T927_HORVV/52-193 AC A0A287T927.1 #=GS Q017C7_OSTTA/27-169 AC Q017C7.1 #=GS A0A0D2X1P8_CAPO3/53-112 AC A0A0D2X1P8.1 #=GS A0A182U0G3_9DIPT/42-188 AC A0A182U0G3.1 #=GS F6V3T4_CIOIN/23-79 AC F6V3T4.2 #=GS A0A096NWH3_PAPAN/12-154 AC A0A096NWH3.2 #=GS A0A2U3UZR6_TURTR/57-114 AC A0A2U3UZR6.1 #=GS CREL1_HUMAN/45-103 AC Q96HD1.3 #=GS A0A091VNC0_OPIHO/11-46 AC A0A091VNC0.1 #=GS A0A158NR17_ATTCE/30-175 AC A0A158NR17.1 #=GS Q28FU2_XENTR/31-173 AC Q28FU2.1 #=GS I3KRZ0_ORENI/26-185 AC I3KRZ0.1 #=GS A0A218UDP1_9PASE/31-173 AC A0A218UDP1.1 #=GS A0A384CP69_URSMA/36-195 AC A0A384CP69.1 #=GS A0A2K5NLV2_CERAT/45-102 AC A0A2K5NLV2.1 #=GS A0A182NTD8_9DIPT/41-187 AC A0A182NTD8.1 #=GS G1SHL3_RABIT/35-178 AC G1SHL3.2 #=GS A0A3B4FDB2_9CICH/35-93 AC A0A3B4FDB2.1 #=GS A0A1V4K383_PATFA/92-135 AC A0A1V4K383.1 #=GS A0A1D6QUM5_MAIZE/4-75 AC A0A1D6QUM5.1 #=GS A0A0V0VCQ6_9BILA/1271-1337 AC A0A0V0VCQ6.1 #=GS A0A287T923_HORVV/3-137 AC A0A287T923.1 #=GS A0A2D0R8S3_ICTPU/1-157 AC A0A2D0R8S3.1 #=GS A0A2H2I3J9_CAEJA/26-89 AC A0A2H2I3J9.1 #=GS B4LD26_DROVI/34-195 AC B4LD26.1 #=GS G1PVA2_MYOLU/45-210 AC G1PVA2.1 #=GS A0A183H5Q9_9BILA/5-71 AC A0A183H5Q9.1 #=GS G3TDJ9_LOXAF/41-201 AC G3TDJ9.1 #=GS A0A1B0GUD4_HUMAN/1-136 AC A0A1B0GUD4.1 #=GS A0A2R8MMA3_CALJA/45-102 AC A0A2R8MMA3.1 #=GS A0A453MWJ4_AEGTS/1-93 AC A0A453MWJ4.1 #=GS 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A0A2K5NW11_CERAT/36-195 ....................................KCE..VCKLL..................STE.LQGE.LSRTGR.S.RE.........VLELG.QV.LD-..-.....-TGKR.......KR..hVPY.SI..SE.........................................TRLEEALEN...L.C..ERILD..YSVH.AERK.G.S.L...RYAKGQ....SQ...........................................TMA..TLKG.L.VQKG.VKVDLGIPLELWDE............P.sVEVTYLKKQCE....TMLE...EF.EDVVGDWYFH........HQ.....EQPL.QNFLCEGH......----vlpaaetac............................................................. C1MTB9_MICPC/108-169 ............................lraseere---..-----..................---.----.------.-.--.........-----.--.---..-.....-----.......--...---.--..--.........................................---------...-.-..-----..----.----.-.-.-...------....--...........................................---..----.-.----.-------DEEKRAA............M.tRAGFDIAGACE....TIVE...TH.EEDIEEHVFA........DG.....VDGL.KDLVCVRL......TRAC...................................................................... 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A0A1I8NNT8_STOCA/38-98 ...................................p-CK..ACSTL..................VSS.FKLG.LENTSR.G.KH.........--AGG.--.-D-..A.....AWEEE.......KL...RSY.KT..SE.........................................VRLVEIQEN...L.C..REV--..----.----.-.-.-...------....--...........................................---..----.-.----.--------------............-..-----------....----...--.----------........--.....----.--------......----rrgq.................................................................. CNPY3_PIG/56-214 ....................................KCE..VCKYV..................AVE.LKSA.FEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......SG...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...I.C..KRLLD..YSLH.KERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.L.VHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TQFLCANH......----vlkgkdtsc............................................................. A0A2Y9J860_ENHLU/36-195 ....................................KCE..VCKLL..................SLE.LQEK.LSRTGR.S.RE.........VLELR.QV.LD-..-.....-TGKR.......KR..hIPY.SV..SE.........................................TRLEEALEN...L.C..DRILD..YSVH.AERK.G.S.L...RYAKGQ....SQ...........................................TMA..TLKG.L.VQKG.VKVDLGIPLELWDE............P.sVEVTFLKKQCE....TMLE...EF.EDVVGDWYFH........HQ.....EQPL.QHFLCEGH......----vlppaetac............................................................. A0A2R8MSQ4_CALJA/8-149 ...................................r---..ACRAL..................MDE.VEHD.ITKARQ.K.NT.........-KVGS.FR.IDP..D.....GMQEK.......RK...IPL.AQ..SE.........................................AFLTDLLEK...V.C..ERMND..YKLE.EDPV.T.K.E...RTFKRF....APrkgd...................................kiyqEFK..KFHF.-.-YSD.AY------------............-..---RPLKFACE....TIME...EY.EDEIFSLIAH........-E.....AHYL.ADKLCREK......SDLC...................................................................... 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