# STOCKHOLM 1.0
#=GF ID DUF3456
#=GF AC PF11938.9
#=GF DE TLR4 regulator and MIR-interacting MSAP
#=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF GA 21.1 21.1
#=GF NC 21.0 21.0
#=GF TC 21.1 21.1
#=GF SE PFAM-B_1799 (release 23.0)
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 16338228
#=GF RT A molecule that is associated with Toll-like receptor 4 and
#=GF RT regulates its cell surface expression.
#=GF RA Konno K, Wakabayashi Y, Akashi-Takamura S, Ishii T, Kobayashi M,
#=GF RA Takahashi K, Kusumoto Y, Saitoh S, Yoshizawa Y, Miyake K;
#=GF RL Biochem Biophys Res Commun. 2006;339:1076-1082.
#=GF RN [2]
#=GF RM 17998391
#=GF RT A protein associated with Toll-like receptor (TLR) 4 (PRAT4A) is
#=GF RT required for TLR-dependent immune responses.
#=GF RA Takahashi K, Shibata T, Akashi-Takamura S, Kiyokawa T,
#=GF RA Wakabayashi Y, Tanimura N, Kobayashi T, Matsumoto F, Fukui R,
#=GF RA Kouro T, Nagai Y, Takatsu K, Saitoh S, Miyake K;
#=GF RL J Exp Med. 2007;204:2963-2976.
#=GF RN [3]
#=GF RM 18780723
#=GF RT A single base mutation in the PRAT4A gene reveals differential
#=GF RT interaction of PRAT4A with Toll-like receptors.
#=GF RA Kiyokawa T, Akashi-Takamura S, Shibata T, Matsumoto F, Nishitani
#=GF RA C, Kuroki Y, Seto Y, Miyake K;
#=GF RL Int Immunol. 2008;20:1407-1415.
#=GF DR INTERPRO; IPR021852;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC This family of proteins, found from plants to humans, is PRAT4
#=GF CC (A and B), a Protein Associated with Toll-like receptor 4. The
#=GF CC Toll family of receptors - TLRs - plays an essential role in
#=GF CC innate recognition of microbial products, the first line of
#=GF CC defence against bacterial infection [1]. PRAT4A influences the
#=GF CC subcellular distribution and the strength of TLR responses and
#=GF CC alters the relative activity of each TLR. PRAT4B regulates TLR4
#=GF CC trafficking to the cell surface and the extent of its expression
#=GF CC there [2][3]. TLR4 recognizes lipopolysaccharide (LPS), one of
#=GF CC the most immuno-stimulatory glycolipids constituting the outer
#=GF CC membrane of the Gram-negative bacteria.           This family
#=GF CC has also been described as a SAP-like MIR-interacting protein
#=GF CC family.
#=GF SQ 652
Q17CU1.1/31-188        KCE.ACKIL....ATE.LQARLSETGK.S.HD.........VIELG.YS.VD-..-.....-DVKPK.......K..rTEY.RR..SE..LRLLESMEN...VC..DRILE..YNIHKERK.D.S.T...RFAKGMSQ...........................................TFQ..TLHG.LVNKG.VKVDLGIPYELWDK......PsAEITQMKTQCE....TMVE...NF.EDVIEKWYFN........KQ....eEIPLIKYLCEDRvl.ranD---
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H9J1K3.1/176-333       RCE.VCKIL....ATE.LQNRLEETGK.V.HE.........VIEIG.YS.LD-..-.....DVQPKK.......K...TKY.QK..SE..LRLIESLEG...VC..DRILE..YNIHKERS.D.S.T...RFAKGMSQ...........................................TFK..TLHG.LVDKG.VKVDLGIPLELWDK......PsAEITHMKTQCE....SLLE...EN.EIAVEDWYWN........HQ....gKEDLKIYLCTKHal.kgvD---
J3JUW7.1/31-183        KCE.VCKIL....AIE.LQSRLEETGK.T.HD.........VIETG.YS.VD-..-.....-DIKPK.......K..kTEY.KK..SE..LRLIESLDG...VC..ERILE..YNIHKERE.D.S.T...RFAKGMSQ...........................................TFQ..TLHG.LVDKG.VKVELGIPYELWDK......PsAEVTNMKTQCE....TLLE...EN.EAEIEDWYFQ........HQe...gGEPLKTFLCEKV......----
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A0A0L0C029.1/31-182    RCE.TCKIL....ATE.LQERLKETGK.S.HD.........VIEIG.YS.LD-..-.....-DVKPK.......K..rTEY.RR..SE..LRLLESTEN...VC..DRILE..YNLHKERS.D.S.T...RFAKGMSQ...........................................TFK..TLHG.LVDKG.VKVDLGIPLELWDK......PpVEVTQMKSQCE....NMLE...EY.EDVISDWYFK........QQ....dEKDLIIHLCEEQ......----
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A0A4S2KGJ9.1/252-404   KCEgVCKVL....ATE.LEARLDETGK.T.HD.........VLEIG.YS.VD-..-.....DVAPKK.......K...KEY.KK..SE..LRLVESMED...VC..ERILE..YNIHKERT.D.S.T...RFAKGMSQ...........................................TFK..TLHG.LVDKG.VKVELGIPYELWDK......PsVEITTLKTQCE....SLLE...NH.EADIEDWYHN........HQ....gEIPLIRYLCSER......----
Q9DAU1.1/48-197        KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DGKGS.......G...VKY.TK..SD..LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDLTEFLCANH......----
B7Q9D0.1/47-195        KCE.VCKYL....AVE.LEASLGETGR.T.HD.........VIETG.YE.FG-..-.....---KPK.......K..rKKY.AV..SE..LRLVETLDG...VC..DRLLQ..YNVHKERK.D.S.T...RFAKGTSN...........................................TFK..ALNN.LVAKG.VKVDLGIPHELWDT......PsAEVTNLKTQCE....ALLE...EH.EADIEAWYFG........KQ.....DRALSDYLCRGR......----
Q9BT09.1/48-197        KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIGTG.YG.IL-..-.....-DQKAS.......G...VKY.TK..SD..LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDLTEFLCANH......----
G3HR63.1/44-193        KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKAS.......G...VKY.TK..SD..LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDLTEFLCANH......----
G3V828.1/47-196        KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKAS.......G...VKY.TK..SD..LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDLTQFLCANH......----
L5JLM4.1/52-201        KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKAS.......G...VKY.TK..SD..LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDLTQFLCANH......----
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A0A4U5RWM8.1/54-203    KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKAS.......G...VKY.TK..SD..LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDLTQFLCANH......----
A0A3L8SRT4.1/32-181    KCE.VCKYV....AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTK.YG.FL-..-.....-DGKGS.......A...VKY.TQ..SD..IRLIEVTEN...IC..KRLLD..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGMSE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE......TsAEVADLKKQCD....VLVE...EY.EDVIEDWYRH........HQ.....TEDLSQFLCANH......----
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