# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID DUF3456 #=GF AC PF11938.9 #=GF DE TLR4 regulator and MIR-interacting MSAP #=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660 #=GF GA 21.1 21.1 #=GF NC 21.0 21.0 #=GF TC 21.1 21.1 #=GF SE PFAM-B_1799 (release 23.0) #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 16338228 #=GF RT A molecule that is associated with Toll-like receptor 4 and #=GF RT regulates its cell surface expression. #=GF RA Konno K, Wakabayashi Y, Akashi-Takamura S, Ishii T, Kobayashi M, #=GF RA Takahashi K, Kusumoto Y, Saitoh S, Yoshizawa Y, Miyake K; #=GF RL Biochem Biophys Res Commun. 2006;339:1076-1082. #=GF RN [2] #=GF RM 17998391 #=GF RT A protein associated with Toll-like receptor (TLR) 4 (PRAT4A) is #=GF RT required for TLR-dependent immune responses. #=GF RA Takahashi K, Shibata T, Akashi-Takamura S, Kiyokawa T, #=GF RA Wakabayashi Y, Tanimura N, Kobayashi T, Matsumoto F, Fukui R, #=GF RA Kouro T, Nagai Y, Takatsu K, Saitoh S, Miyake K; #=GF RL J Exp Med. 2007;204:2963-2976. #=GF RN [3] #=GF RM 18780723 #=GF RT A single base mutation in the PRAT4A gene reveals differential #=GF RT interaction of PRAT4A with Toll-like receptors. #=GF RA Kiyokawa T, Akashi-Takamura S, Shibata T, Matsumoto F, Nishitani #=GF RA C, Kuroki Y, Seto Y, Miyake K; #=GF RL Int Immunol. 2008;20:1407-1415. #=GF DR INTERPRO; IPR021852; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This family of proteins, found from plants to humans, is PRAT4 #=GF CC (A and B), a Protein Associated with Toll-like receptor 4. The #=GF CC Toll family of receptors - TLRs - plays an essential role in #=GF CC innate recognition of microbial products, the first line of #=GF CC defence against bacterial infection [1]. PRAT4A influences the #=GF CC subcellular distribution and the strength of TLR responses and #=GF CC alters the relative activity of each TLR. PRAT4B regulates TLR4 #=GF CC trafficking to the cell surface and the extent of its expression #=GF CC there [2][3]. TLR4 recognizes lipopolysaccharide (LPS), one of #=GF CC the most immuno-stimulatory glycolipids constituting the outer #=GF CC membrane of the Gram-negative bacteria. This family #=GF CC has also been described as a SAP-like MIR-interacting protein #=GF CC family. #=GF SQ 1211 A0A182MUL3.1/41-166 KCL..VCKAS..................MAE.MELAASKVDP.N.KK.........VEVGD.YR.LDT..T.....GESKK.......K.......K..kILY.AK..SE.........................................MYLTEMMET...VC..DRMDD..YAKARYKK.N.G.R...PVVMKM....MTdgg.....................................mnpDMA..NVNF.VQEGD.LN------------............-..---KTLKHLCL....EIVE...NY.DEDIIRI---........--.....----.--------......---- A0A182MUL3.1/215-361 KCL..VCKAS..................MAE.MELAASKVDP.N.KK.........VEVGD.YR.LDT..T.....GESKK.......K.......K..kILY.AK..SE.........................................MYLTEMMET...VC..DRMDD..YAKARYKK.N.G.R...PVVMKM....MTdgg.....................................mnpDMA..NVNF.VQEGD.LN------------............-..---KTLKHLCL....EIVE...NY.DEDIIRMFQE........EV.....VKDT.DIRLCSQV......AKYC Q17CU1.1/31-188 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KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VLDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......S.......G...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EQDL.TQFLCANH......---- T1HB36.1/2-149 ---..VCKIL..................AIE.LENRLHETGK.T.KE.........MIETG.YS.VD-..-.....-DIKP.......K.......K..kKEY.TK..SE.........................................LRLLESLDG...LC..EKILE..YNIHKERT.D.S.T...RFAKGM....SQ...........................................TFK..TLHG.LVEKG.VKVDLGIPHELWDK............P.sVEITNMKSQCE....TVLE...NY.ESDIEDWYFN........HQ.....HVSL.KTYLCKDR......---- F7CNK7.2/92-241 KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......S.......G...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TQFLCANH......---- G1KEF9.2/35-184 KCE..VCKYV..................ALE.LKSSFDETGK.T.KE.........VIDTK.YG.FL-..-.....-DGKQ.......S.......K...IKY.TK..SD.........................................IRLIEVTEN...IC..QRLLG..YNLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCE....IMVE...EY.EDVIEDWYRN........HQ.....EEDI.SQFLCANH......---- E2RL97.2/44-191 ---..VCKLL..................SLE.LQEELSRTGR.S.RE.........VLELG.QV.LD-..-.....-TGKR.......K.......R..hVPY.SV..SE.........................................TRLEEALEN...LC..ERILD..YSVHAERK.G.S.L...RYAKGQ....SQ...........................................TMA..TLKG.LVQKG.VKVDLGIPLELWDE............P.sVEVTFLKKQCE....TMLE...EF.EDVIGDWYFH........HQ.....EQPL.QHFLCEGH......---- A0A1S3SC02.1/34-191 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGK.T.KE.........VIERN.YR.FL-..-.....DDNKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................IRFIEVVEN...VC..QRLSG..YNLHKERE.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMIE...QY.EEVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCENHvl.kgqD--- H0VWE9.1/45-194 KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIGTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......A.......G...VRY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERA.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHS.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TEFLCTNH......---- E2RDI0.1/52-201 KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETSK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......S.......G...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TQFLCANH......---- A0A3Q1BQP9.1/32-182 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFEETGK.T.KE.........VIDRN.YR.FI-..-.....-DGKG.......A.......P..pIKY.HK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VNVVMDIPFELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...QY.EDVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A2Y9DS98.1/122-271 KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......S.......G...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TEFLCANH......---- A0A3B4U7D8.1/33-191 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGK.T.KE.........VIDRN.YR.FI-..-.....-DSKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VNVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...KY.EDVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCEKHvl.kgqDKA- I3N640.1/49-198 KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETSK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......S.......G...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TEFLCANH......---- A0A1S3NA07.1/34-185 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFEETGK.T.KE.........VIERN.YR.FL-..D.....GNKGA.......P.......P...IKY.VK..SD.........................................IRFIEVVEN...VC..QRLSG..YNLHKERE.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMVE...KY.EEVIEEWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A0P7UBV3.1/147-297 KCE..VCKLL..................SIE.MKSAFDETGK.T.KQ.........VIDRN.YR.FL-..-.....-DGNG.......A.......A..pIKY.VK..SD.........................................IRFIEVIEN...VC..QRLQR..YNLHKERP.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFA..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMVE...QY.EDVIEEWYKG........QQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A2U9B1C7.1/26-176 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KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIGTG.YG.VL-..-.....-DRKV.......A.......G...VRY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERA.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TEFLCTNH......---- A0A1U8DDW5.1/48-197 KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTK.YG.FL-..-.....-DGRG.......S.......A...VKY.TQ..SD.........................................VRLIEVTEN...IC..KRLLD..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EY.EDVIEDWYRH........HQ.....KEDL.SQFLCADH......---- A0A3P8XTA1.1/34-185 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGK.T.KE.........VIERN.YR.FL-..-.....DDNKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................IRFIEVVEN...VC..QRLSE..YNLHKERE.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMIE...QY.EEVIEDWYKG........NQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A401RVL5.1/33-181 -CE..VCKYL..................AVE.LKLAFEETGK.T.NE.........VIDTK.YG.FL-..-.....-EGKS.......S.......K...IKY.RH..SD.........................................IRLIEVTEN...IC..NRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFQ..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVSDMKKQCD....VMVE...KY.EDVIEDWYKN........HQ.....EEDL.TMFLCERH......---- A0A4W4FL52.1/31-190 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KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFDETGK.T.KE.........MIGTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......E.......G...VRY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERA.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TEFLCTNH......---- A0A087X6B6.2/33-192 RCE..VCKFV..................SIE.MKSAFEETGK.T.KA.........VIESN.YN.FI-..-.....-DGKG.......A.......P..pVKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMVE...EY.EDVIEDWYKG........NQ.....EEDL.TTYLCEKHvl.kggDKAC A0A1D5P908.2/32-181 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KCE..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DRKA.......S.......G...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRH........HQ.....EEDL.TLFLCANH......---- A0A3Q3LTP9.1/33-183 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGK.T.KE.........VIDRN.YR.FI-..-.....-DSKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVHKG.VNVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...QY.EEVIEDWYKG........NQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- G1PVA2.1/51-198 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KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGR.T.KE.........VIDRN.YG.FI-..-.....-DNKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERD.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VNVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...QY.EEVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A484CCH8.1/32-182 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGK.T.KE.........VIDTN.YR.FI-..-.....-DGKG.......A.......P..pVKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VNVVMDIPFELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMIE...EY.EDVIEDWYRG........SQ.....EEDL.TKHLCEKH......---- I3JGE7.1/32-182 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFEETGK.T.KE.........VIDTT.YG.FI-..-.....-DSKG.......T.......A..pIKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VNVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMIE...QY.EDVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A1A9W283.1/31-180 RCE..TCKIL..................ANE.LQDRLQETGR.S.HD.........ILELG.YN.---..-.....-DVKP.......K.......R..rTEY.KR..SE.........................................LRLLESMED...VC..QRILN..YNLHKERS.D.S.T...RFAKGM....SQ...........................................TFK..TLHG.LVEKG.VKVELGIPYELWDK............P.pVEVTQMKTQCE....NMLE...QY.EDIISDWYFN........KQ....dVKDL.ITHLCVEQ......---- A0A4W6EV94.1/33-183 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RCE..VCKFV..................SIE.MKSAFEETGK.T.KA.........VIESN.YN.FI-..-.....-DGKG.......A.......P..pVKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERT.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMVE...QY.EEVIEDWYKG........NQ.....EEDL.TTYLCEKHvl.kggDKAC A0A493U0W8.1/383-532 KCE..VCKYV..................ALE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTK.YG.FL-..-.....-DGKG.......S.......A...VKY.TQ..SD.........................................IRLIEVTEN...IC..KRLLD..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EY.EDVIEDWYRH........HQ.....TEDL.SQFLCADH......---- U3JD91.1/18-165 --G..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTK.YG.FL-..-.....-DGKG.......S.......A...VKY.TQ..SD.........................................IRLIEVTEN...IC..KRLLD..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EY.EDVIEDWYRH........HQ.....TEDL.SQFLCANH......---- G3WDL6.1/1-147 ---..VCKYV..................AVE.LKSAFEETGK.T.KE.........VIDTG.YG.IL-..-.....-DQKA.......S.......R...VKY.TK..SD.........................................LRLIEVTET...IC..KRLLD..YSLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFE..TLHN.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...EF.EEVIEDWYRN........HQ.....EEDL.TSFLCANH......---- A0A2T7PWE9.1/36-193 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KCE..VCKYV..................ALE.LKSSFDETSR.T.RE.........LIDTR.YG.FL-..E.....DDKKA.......K.......K...IKY.TN..SD.........................................IRLIEVTEG...LC..SRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFQ..TLHH.LVHKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADMKKQCD....VMME...TY.EDVIEDWYRH........HQ.....EADL.TEFLCARHvl.rgqDQS- A0A210PN15.1/39-197 -CE..VCKFL..................ATE.LSDRLHETGK.S.KE.........VLETG.HG.LD-..-.....--KKK.......K.......R...VKY.QT..SE.........................................LRLIEALQEp.hIC..EKILK..YKVHKEKK.G.S.L...RFNKKE....SE...........................................TME..TLHG.LVNKG.VKVDLGIPMEMWDT............P.sAEVTDMQRKCF....KMVE...DH.EEDIEDWYFH........NQ.....HRDI.MDYLCADLvl.graNKEC A0A3B3I6D3.1/34-193 KCE..VCKFV..................SIE.MKSAFQETGK.T.KE.........VIDSK.YN.FI-..-.....-DGKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERS.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVNKG.VKVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VMIE...QY.EEVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTFLCEKHvl.kgqDKDC A0A3B5K671.1/33-183 RCE..VCKFV..................SIE.MKSAFDETGK.T.KE.........VIDRN.YG.FI-..-.....-DNKG.......A.......P..pIKY.VK..SD.........................................LRFIEVVEN...VC..QRLLE..YNLHKERA.G.S.N...RFAKGM....SE...........................................TFS..TLHG.LVHKG.VNVVMDIPYELWNE............T.sAEVADLKKQCD....VLVE...QY.EEVIEDWYKG........SQ.....EEDL.TTYLCEKH......---- A0A4W3GHM1.1/1-156 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