# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID SurA_N_3 #=GF AC PF13624.7 #=GF DE SurA N-terminal domain #=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588 #=GF GA 27.2 27.2 #=GF NC 27.1 27.1 #=GF TC 27.2 27.2 #=GF SE Jackhmmer:O66854 #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF RN [1] #=GF RM 12429090 #=GF RT Crystallographic structure of SurA, a molecular chaperone that #=GF RT facilitates folding of outer membrane porins. #=GF RA Bitto E, McKay DB; #=GF RL Structure. 2002;10:1489-1498. #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC This domain is found at the N-terminus of the chaperone SurA. It #=GF CC is a helical domain of unknown function. The C-terminus of the #=GF CC SurA protein folds back and forms part of this domain also but #=GF CC is not included in the current alignment. #=GF SQ 813 A0A0N1J1C4.1/1-162 MLHLMRKH.ATS......WIIKF.LLIAIAIV...FV............F..WG.VGS......FR.EENV.....NR.....................VAEV...N...........G.T.V...I...........TID...Q...YYD..A..YN.....N...VI.E...G....YK.RQF.......................GD.....NL.DD..K.LLEA......................LNIK.QQVVNT.LI.ERELVLQ.E.......AK.KL...K.I..RV.......TD..E...E...LAS........S......I...KSI..S...........YFQ...K...D.......GI.........F..D..NRY........Y....V....N.V.L.R....R....N....R..M.T.P.E.Q..F.EISQRRSLYLEKLR A0A0P9EKS3.1/1-162 MLDFMRRQ.AQG......WIVKV.LFGLIVLS...FV............F..WG.VGD......YF.SGNS....sVT.....................VATV...G...........D.Q.E...I...........TQR...G...LEN..R..VR.....S...ER.N...R....LR.QVM.......................GD.....RF.SP..D.QIDP......................ERLR.RQVLQD.LI.RERLLEL.E.......AE.RL...G.L..TA.......SD..Q...A...VRL........A......I...RGQ..P...........AFQ...Q...G.......GE.........F..S..TSQ........Y....E....S.I.L.G....R....M....G..L.G.P.S.Q..Y.ENRVRRDLAVQAY- P0ADY1.1/1-165 MMDSLRTA.ANS......LVLKI.IFGIIIVS...FI............L..TG.VSG......YL.IGGG....nNY.....................AAKV...N...........D.Q.E...I...........SRG...Q...FEN..A..FN.....S...ER.N...R....MQ.QQL.......................GD.....QY.SE..L.AANEg...................ymKTLR.QQVLNR.LI.DEALLDQ.Y.......AR.EL...K.L..GI.......SD..E...Q...VKQ........A......I...FAT..P...........AFQ...V...D.......GK.........F..D..NSR........Y....N....G.I.L.N....Q....M....G..M.T.A.D.Q..Y.AQALRNQLTTQQL- S7TWZ3.1/1-162 MLKLMREK.AGS......WFIKV.ILGAIVVV...FV............F..WG.VGN......FR.SGRL.....EK.....................VAVV...N...........E.T.P...I...........TVE...A...YNQ..S..YN.....A...LI.E...R....YR.SQF.......................GA.....QF.NE..D.MIRM......................FGLK.RQALDQ.LI.NQILMLQ.E.......AE.KL...N.F..RV.......TD..D...E...LAA........V......I...QAI..P...........AFQ...N...N.......GA.........F..D..NRI........Y....T....R.V.L.N....M....N....R..L.T.P.E.A..F.EKDQREAIRIDKLR A0A1G5QPV0.1/1-162 MLDLIRQR.AQG......WIAWV.IVILISIP...FA............L..WG.VNE......YF.GGGR....gAP.....................AAEV...D...........G.V.S...I...........SQE...Q...LQR..A..YY.....Q...ER.Q...R....LQ.ELM.......................GD.....EF.DL..G.QFPE......................EQIR.QQVLQK.LI.RQELLTQ.A.......AA.EN...G.L..RV.......SD..A...H...LSQ........S......I...RSM..E...........AFQ...G...D.......AG.........F..D..PAR........Y....Q....Q.L.L.S....Q....Q....G..M.Q.P.A.Y..F.ESQVRRDLVTEQL- A8ZS60.1/1-162 MLQFMRQK.ASS......IIIKG.VLSLVILA...FI............F..LG.IGN......FR.EQQE.....VT.....................AATV...N...........E.E.I...V...........TGR...E...FQY..T..YQ.....R...LL.D...T....YR.QQF.......................GG.....AL.ND..D.LLKM......................LNLK.EQAMNQ.LI.SEKIILQ.Q.......AD.KL...G.L..NV.......SD..S...E...LAA........T......I...SSI..P...........AFQ...N...N.......GR.........F..D..KTR........Y....N....R.L.L.Q....S....N....R..M.T.A.A.A..F.EQSQKQGLLVDKLR A6Q3T2.1/1-163 MISWMQKH.KKY......LVITI.WISTIAFVgagFV............G..WG.AYK......YG.SASD.....-A.....................VAEV...G...........N.E.K...I...........TLK...E...FQQ..R..YA.....N...VY.N...Y....YN.KML.......................QG.....KL.DQ..E.QAKK......................MGLD.KMVLNE.LI.QEALLEN.Y.......AH.DL...G.L..IV.......TD..E...E...VAQ........K......I...ASM..K...........VFW...Q...N.......GH.........F..E..KSL........Y....N....K.L.L.Q....Q....N....R..I.K.P.K.D..F.EQSIRKELLLNKL- A0A1E3GUK1.1/1-162 MLHFIRDR.AQG......WIAWF.IVALISIP...FA............L..WG.VNS......YV.TGPS.....DT....................vVAKV...N...........G.D.E...I...........TRS...E...LLQ..A..VQ.....R...YR.E...Q....MR.EMM.......................GE.....EF.NP..E.LFDN......................AEIR.YAVIDD.LI.EQRLIRS.A.......TD.TL...G.Q..RV.......SD..R...Q...IAQ........F......I...QQT..P...........AFQ...R...D.......GR.........F..D..SEQ........Y....Q....M.V.L.A....R....A....G..F.T.P.A.Y..Y.EATLRNDLLGQQL- A0A1G5BPJ9.1/1-162 MLQMMRDN.AGS......WIIKI.LLGVIVLV...FI............F..LG.LGP......DR.NSGN.....SI.....................VAEV...N...........K.T.V...I...........SWD...D...YRL..A..YN.....E...LV.E...G....YR.RQL.......................GG.....NL.SE..E.MIKM......................FRLR.EQALES.LI.TSELMIQ.E.......AD.RL...K.L..RV.......TD..K...E...LEQ........A......I...TAL..P...........YFK...T...D.......GV.........F..D..MAL........Y....E....A.L.L.R....Q....N....G..L.T.V.P.Q..F.EAQQRKSMLISKLR Q3SIA2.1/16-175 -LEAIRKH.AKG......WLAKV.ILGLIAVT...FA............L..FG.IDS......YM.SGDR.....SGg...................vVAEV...G...........K.V.G...I...........TRE...E...LTR..E..IQ.....A...QS.D...R....LR.ESL.......................GP.....AF.DP..S.MTET......................AAFR.KQVLDS.LI.ERKALLL.E.......AE.KL...K.F..LA.......PD..S...Y...VAA........A......I...GQI..P...........AFQ...Q...D.......GK.........F..S..PQR........Y....E....A.I.L.R....Q....N....G..R.T.P.A.S..F.ENELRQAFMLE--- C8X3Q9.1/1-162 MLDAMRKN.AQS......WAIKF.LFALIILV...FV............F..WG.VGN......LG.NDQA.....TV.....................VAEV...Q...........G.E.A...I...........LIR...D...FQQ..A..YQ.....R...TV.E...N....LR.RKQ.......................-P.....DI.SR..E.DFEQ......................MQLK.RQVLND.LI.TSQLLFR.E.......AK.KL...G.L..AV.......TA..P...E...VRQ........Y......V...QQM..P...........VFQ..nA...D.......KQ.........F..D..PSR........Y....E....Q.L.L.R....A....N....Q..L.T.P.A.Q..F.EADLTRSLLTNKIQ K2JLR8.1/1-166 MMEQIREG.SQS......WIVKI.ILGLIILS...FA............L..TG.VYS......YL.SGGPn...gNA.....................AAEV...N...........G.Q.S...I...........SRV...E...LNR..A..YQ.....N...ER.A...R....LE.SQN.......................AD.....MF.SQ..L.AGNEa...................flNEIR.RGALEQ.LI.NQHLMAD.A.......IS.EM...G.L..RV.......SD..E...Q...VKA........A......I...RDI..P...........AFQ...I...A.......GN.........F..D..NER........Y....L....A.V.L.R....N....Q....G..M.S.P.S.R..F.SEMMRADLARQQF- F8A9U4.1/1-161 MLDFFRQR.AGS......WLVKI.ILGAIIIV...FI............F..WG.VGT......FR.TGQK.....NI.....................LAEV...N...........G.Q.P...I...........TFT...E...FQV..L..YN.....Q...RL.N...Q....LR.SLF.......................GP.....QL.ND..E.LLKK......................LQLP.AQVFED.LV.RRKLMFQ.V.......AK.EM...G.I..TV.......TT..K...E...LQI........A......I...SQI..P...........TFQ...T...N.......GR.........F..D..PRK........Y....Q....L.V.L.R....E....L....R..L.T.P.K.E..F.EDLIKSEFIEAKI- A0A3S3QY99.1/1-160 MLNILRKQ.AQS......PLIQA.LVLIIVIV...FI............F..WG.FGG......NK.NNGR.....TA.....................VATV...N...........K.V.D...I...........SYQ...D...YMQ..A..YN.....R...TT.D...N....FR.QQF.......................GG.....KI.PP..A.LLEQ......................LGIQ.QQVLSQ.LI.RSELLRQ.G.......GE.EI...G.V..RV.......SD..L...M...VQE........K......I...KEM..E...........VFQ...E...D.......GR.........F..N..QQR........Y....E....D.L.L.A....R....N....R..M.T.P.T.A..F.EDSMKSDIRANR-- E8RB90.1/1-161 MLNIIRKN.AQS......IVVQS.IVVIIAIV...FI............F..WG.VGT......NL.NDNP.....NA.....................VAVV...N...........G.K.E...I...........SYR...D...FQQ..N..YE.....R...AI.E...G....YK.QQF.......................GG.....QL.PE..K.FVES......................LGVK.DQVLNQ.LI.QSELLRQ.G.......AE.KM...G.M..TI.......SK..E...A...TQR........K......I...QDL..E...........VFR..dE...N.......GR.........F..D..LDR........Y....K....T.V.L.A....Q....N....R..L.S.P.T.S..F.EAGIGNDLLMNR-- A0A1Z4VRL0.1/1-162 MLQAIRDR.VTG......IIAWV.IVGLISVT...FA............L..WG.VDS......YL.RGGA....qTY.....................AAKV...N...........D.T.E...I...........STD...Q...YRL..G..LR.....Q...QA.N...R....MQ.AML.......................GE.....RF.DR..A.ILST......................PEFK.RAVLDR.LV.EEELLLQ.A.......AD.DY...G.L..SI.......SD..S...Y...LAA........R......I...HAD..S...........SFQ...V...D.......GE.........F..D..PER........Y....K....N.L.L.S....Q....Q....G..M.S.P.S.L..Y.EHQLRRSLLINQL- A0A1A8XWX9.1/1-161 MFDSVRNN.KK-......-IVQI.FLALITLP...FA............F..FG.VDS......YV.RNSGa...gSD.....................LASV...G...........D.T.K...I...........TIP...Q...FEQ..A..LR.....E...RQ.D...Q....LR.QQL.......................GA.....SF.KP..E.MMNT......................PEAR.MSVLDS.LI.DRRLLLL.E.......AD.KS...R.L..QT.......SD..N...A...LRE........V......I...SKI..P...........ALQ...D...N.......GQ.........F..S..MER........Y....A....S.V.L.R....A....Q....G..M.S.E.P.Q..F.EARVRQDITLQQL- A0A1I4QV58.1/1-161 MLDFVRKH.ATS......WIIKV.ALFFIVVV...FI............F..WG.GYA......YQ.ARQK.....SH.....................IVRV...G...........D.V.Y...I...........TWK...D...YTE..T..YD.....R...LL.E...D....YK.RQM.......................GD.....RF.TE..E.ALKK......................LDLK.QKALDL.LI.ERIVLLQ.K.......AR.EL...G.I..SV.......SV..A...E...VRD........A......I...ASM..P...........AFQ...S...N.......GA.........F..N..PQL........Y....R....M.V.L.Q....Q....N....R..L.T.P.E.T..F.EYEMMQVLTLKKL- A4BM13.1/1-162 MLQTIRDR.AQG......IVAYI.IVGLLIIP...FA............F..FG.VYN......YF.TGDS.....NP....................tVATV...N...........G.I.D...I...........TRA...E...LDA..A..VQ.....R...QQ.S...Q....LR.ELL.......................GD.....QY.NP..A.LFDE......................SHLR.PQVLDR.LV.DQAVLLY.F.......IR.SQ...G.F..RV.......TD..E...S...LRS........F......I...RSQ..P...........YFL...A...D.......GQ.........F..S..KER........Y....R....A.V.L.R....Q....S....G..Y.S.T.D.Q..Y.EAQLRQQQLLRQL- A0A1H0D953.1/1-162 MLDLMRKN.AQS......WGIKI.LFGLIIVV...FV............F..WG.IGS......FR.SNKA.....AV.....................IAEV...N...........G.R.P...I...........AAQ...D...FRI..A..YE.....R...TL.K...S....LR.HRN.......................-P.....NL.SQ..K.EIQQ......................MRLK.EQVLNQ.LI.NAELLRE.K.......AK.AL...G.V..DI.......TL..P...E...LRK........A......I...TSI..P...........FFQ..nK...N.......KK.........F..D..PNL........Y....K....K.I.L.K....L....N....G..L.S.P.A.T..F.EKDYSENLLIEKMR A0A2H5ZJX4.1/1-164 MLKFIRRN.ASA......TWVKV.LFGILAAV...FI............Y..WG.VDA......GL.SNGSr...yNA.....................VAKV...N...........G.K.P...I...........TDK...D...LER..A..EE.....N...LR.N...F....YR.NLY.......................GD.....QF.RP..E.FLQG......................MDIR.SQALDR.LI.RTELMFQ.E.......AQ.RL...G.L..EA.......TD..S...E...VRE........F......I...AQM..D...........SFQ...Q...D.......GR.........F..D..RDF........Y....L....R.V.L.R....A....N....R..L.T.P.A.E..F.EEGVRRDILVTKLQ A0A318CMP8.1/1-161 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