# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID Retrotran_gag_2 #=GF AC PF14223.7 #=GF DE gag-polypeptide of LTR copia-type #=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588 #=GF GA 27.0 27.0 #=GF NC 26.9 26.9 #=GF TC 27.0 27.0 #=GF PI UBN2; #=GF SE Jackhmmer:A5B9L3 #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF RN [1] #=GF RM 2538806 #=GF RT The nucleotide sequence of Drosophila melanogaster #=GF RT copia-specific 2.1-kb mRNA. #=GF RA Miller K, Rosenbaum J, Zbrzezna V, Pogo AO; #=GF RL Nucleic Acids Res. 1989;17:2134. #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This family is found in Plants and fungi, and contains #=GF CC LTR-polyproteins, or retrotransposons of the copia-type. #=GF SQ 2139 H3H4T3.1/32-168 FKRKSRKA.L.AII.C.LAM....E..D..S.....Q..L.....P.L..VR....S......A......K......D......A......H....D...AW.SRLEG.H...F..EK..K.....S...L...A..NKL..........F.LR.RR..F..F.T....T..MM.....D.EG.D...................D.VL...E...H...IN..K...LKTLAE...Q.........L........D.....A.......V.....G..........A.....P..........V....S....EDD............L.V.ITLLGSL...S.....E......S....Y.Q....F....L.I.TA.LES.........RADSL...S..W.E..LVTS.RLLHEDMKRKE- H3H4T3.1/256-392 FKRKSRKA.L.AII.C.LAM....E..D..S.....Q..L.....P.L..VR....S......A......K......D......A......H....D...AW.SRLEG.H...F..EK..K.....S...L...A..NKL..........F.LR.RR..F..F.T....T..MM.....D.EG.D...................D.VL...E...H...IN..K...LKTLAE...Q.........L........D.....A.......V.....G..........A.....P..........V....S....EDD............L.V.ITLLGSL...S.....E......S....Y.Q....F....L.I.TA.LES.........RADSL...S..W.E..LVTS.RLLHEDMKRKE- H3H7U8.1/60-191 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-KSKKDKA.L.ATI.V.LSI....E..P..S.....L..L.....Y.I..IG....E......P......D......D......P......V....V...VW.QKLAD.Q...F..QK..K.....T...W...A..NKL..........V.LR.RK..L..Q.S....L..KL.....K.DG.G...................S.VQ...Q...H...IR..E...MTETFN...E.........L........S.....V.......M.....G..........V.....A..........M....D....DED............R.V.VQLLASL...P.....E......S....Y.S....T....I.V.TA.LEA.........NEKVP...S..L.E..VVTE.RLLHEERKLNE- H3GY79.1/32-168 FKRKSRKA.L.AII.C.LAM....E..D..S.....Q..L.....P.L..VR....S......A......K......D......A......H....D...AW.SRLEG.H...F..EK..K.....S...L...A..NKL..........F.LR.RR..F..F.T....T..MM.....D.EG.D...................D.VL...E...H...IN..K...LKTLAE...Q.........L........D.....A.......V.....G..........A.....P..........V....S....EDD............L.V.ITLLGSL...S.....E......S....Y.Q....F....L.I.TA.LES.........RADSL...S..W.E..LVTS.RLLHEDMKRKE- H3H913.1/74-210 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