# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID SMC_ScpA #=GF AC PF02616.16 #=GF DE Segregation and condensation protein ScpA #=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660 #=GF GA 24.6 24.6 #=GF NC 24.5 24.5 #=GF TC 24.6 24.7 #=GF PI DUF173; ScpA_ScpB; #=GF SE COG1354 #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF CL CL0157 #=GF RN [1] #=GF RM 12667442 #=GF RT Kleisins: a superfamily of bacterial and eukaryotic SMC protein #=GF RT partners. #=GF RA Schleiffer A, Kaitna S, Maurer-Stroh S, Glotzer M, Nasmyth K, #=GF RA Eisenhaber F; #=GF RL Mol Cell 2003;11:571-575. #=GF RN [2] #=GF RM 23353789 #=GF RT An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin. #=GF RA Burmann F, Shin HC, Basquin J, Soh YM, Gimenez-Oya V, Kim YG, Oh #=GF RA BH, Gruber S; #=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2013;20:371-379. #=GF RN [2] #=GF RM 23353789 #=GF RT An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin. #=GF RA Burmann F, Shin HC, Basquin J, Soh YM, Gimenez-Oya V, Kim YG, Oh #=GF RA BH, Gruber S; #=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2013;20:371-379. #=GF RN [3] #=GF RM 23541893 #=GF RT Molecular basis of SMC ATPase activation: role of internal #=GF RT structural changes of the regulatory subcomplex ScpAB. #=GF RA Kamada K, Miyata M, Hirano T; #=GF RL Structure. 2013;21:581-594. #=GF DR INTERPRO; IPR003768; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This is a family of proteins that from part of the condensin #=GF CC complex that regulates chromosome segregation. This is the A #=GF CC subunit, which binds to the ScpB subunit, Pfam:PF04079, and SMC, #=GF CC Pfam:PF02463, to participate in chromosomal partition during #=GF CC cell division [2,3]. The condensin complex pulls DNA away from #=GF CC the mid-cell into both cell halves [1]. These proteins are part #=GF CC of the Kleisin superfamily. #=GF SQ 3283 Q7AQ60.1/28-251 LICAHRLDVTEVALHQVTDDFI......A.YI....R......R......L...........G..........P......Q..........L...G.......LEE..............................................TTAFLVIAATLIDLKAARL....L..P.......A...........G.........R.......V..........E.....D......E.....E....D........L.......A..-....-....L...L....E...G....R..D....L....L..F..A..R.L.LQYR.A.F...KR...V.A.Q.I..F.A...E.L..E..A.T.AL......RS.Y...P..H...A...V...F...L....E...E.....R...F.....A....S.....L...L.P..E.............VM..I..G...V..D.A............D..R.F.A..E.I..A.....A..F...T....F...T.....P....R....P.V......P..I...V...A.T..G...H.L..--................HE...L..K..I....S..VP..E...Q..A..K.RL..L.A--...--.ML........EA..R.....GN..-..-..-.-.--.....GQ....WT.S..FS....E.LV.A.D.-.......................................-.C.R.E...P....I....E....V.V....G....C....F....LALLELYRT.....RAIAF.E.Q.A.E..PLG.V.LQVSW- O33208.1/40-264 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MAHQGEINPWDVSVIDVIDRFL......Q.DL....G......I......L...........-..........N......S..........L...D.......LNFqqq.......................................nlprSGQAFLWASMLVRYKADSL....H..N.......L...........E.........Q.......E..........P.....E......E.....V....L........P.......E..A....E....L...E....E...W....P..D....G....L..I..A..R.L.P---.-.R...DL...E.N.R.L..R.R...R.T..A..-.-.-V......PP.L...Q..R...R...R...V...T....L...A.....E...L.....I....D.....Q...I.E..A.............IA..V..E...I..E.K............S..-.-.-..-.-..E.....Q..K...P....K...R.....V....K....R.A......R..P...Q...S.R..R...E.A..LQ................II...T..E..L....A..HQ..E...N..L..T.EL..A.SQL...EQ.FL........QT..R.....LP..E..I..L.P.DLp...hRS....WV.D..LD....T.LL.H.C.Whhh................................ldpdK.L.P.D...K....K....D....K.V....G....V....F....WALLLLSSQ.....SKVSL.A.Q.E.E..FYQ.D.LQVQII P35154.1/21-244 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