# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID SMC_ScpA #=GF AC PF02616.16 #=GF DE Segregation and condensation protein ScpA #=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660 #=GF GA 24.6 24.6 #=GF NC 24.5 24.5 #=GF TC 24.6 24.7 #=GF PI DUF173; ScpA_ScpB; #=GF SE COG1354 #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF CL CL0157 #=GF RN [1] #=GF RM 12667442 #=GF RT Kleisins: a superfamily of bacterial and eukaryotic SMC protein #=GF RT partners. #=GF RA Schleiffer A, Kaitna S, Maurer-Stroh S, Glotzer M, Nasmyth K, #=GF RA Eisenhaber F; #=GF RL Mol Cell 2003;11:571-575. #=GF RN [2] #=GF RM 23353789 #=GF RT An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin. #=GF RA Burmann F, Shin HC, Basquin J, Soh YM, Gimenez-Oya V, Kim YG, Oh #=GF RA BH, Gruber S; #=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2013;20:371-379. #=GF RN [2] #=GF RM 23353789 #=GF RT An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin. #=GF RA Burmann F, Shin HC, Basquin J, Soh YM, Gimenez-Oya V, Kim YG, Oh #=GF RA BH, Gruber S; #=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2013;20:371-379. #=GF RN [3] #=GF RM 23541893 #=GF RT Molecular basis of SMC ATPase activation: role of internal #=GF RT structural changes of the regulatory subcomplex ScpAB. #=GF RA Kamada K, Miyata M, Hirano T; #=GF RL Structure. 2013;21:581-594. #=GF DR INTERPRO; IPR003768; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This is a family of proteins that from part of the condensin #=GF CC complex that regulates chromosome segregation. This is the A #=GF CC subunit, which binds to the ScpB subunit, Pfam:PF04079, and SMC, #=GF CC Pfam:PF02463, to participate in chromosomal partition during #=GF CC cell division [2,3]. The condensin complex pulls DNA away from #=GF CC the mid-cell into both cell halves [1]. These proteins are part #=GF CC of the Kleisin superfamily. #=GF SQ 10893 Q7AQ60.1/28-251 LICAHRLDVTEVALHQVTDDFI......A.Y....I......R......R......L...........G..........P........Q..........L........G........LEE..............................................TTAFLVIAATLIDLK....AA.....RL.....L.....P.......A...........G............R.......V..........E.....D......E..........E.....D........L.......A.....-....-....L........L.......E........G....R...D....L.....L......F....A...R...L.L....Q....Y...R.A.......F...K.R...V....A...Q.I...F.A....E.L.....E...........A..T.A.L.......RS.Y...P...H....A...V....F....L....E....E.....R...F.....A....S.....L...L.P..E.............VM..I...G...V...D.A................D..R.F...A...E...I....A.....A....F...T....F...T.....P....R....P...V......P...I...V...A..T..G...H..L..--................HE...L.....K..I....S..V.P..E...Q...A..K..R....L..L..A...-...-...-.......-....ML........EA..R.....G..N..-..-..-..-.-.-.....GQ....WT....S....FS....E.LV.A.D.-.......................................-.C...R...E...P....I....E....V....V....G....C....F....LALLELYRT.....RAIAF.E.Q.A.E..P.L.G.V.LQVSW- A0A0K2HVY2.1/40-264 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O33208.1/40-264 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P75478.1/178-413 LLIDKKFNLHQVDIAKITTQYL......H.L....I......N......T......N...........L..........N........K..........Q........A........IEP..............................................ITDYLVITSRIVEQK....AN.....NL.....L.....Q.......I...........N............D.......I..........A.....L......-..........-.....D........S.......D.....F....L....D........N.......K........L....R...D....K.....L......V....A...Q...L.V....E....Y...K.R.......Y...R.E...S....L...D.D...F.E....K.L.....R...........I..N.R.L.......AY.F...S...K....D...-....N....D....F....N.....R...F.....I....Q.....T...V.D..Ks..........ntEP..V...K...I...E.Delp..........nyvS..V.L...K...L...H....H.....A....M...N....K...L.....M....Q....R...W......R...A...Q...F..L..A...N..K..NI................SI...Q.....E..L....S..I.E..Q...V...Q..A..E....I..L..A...T...I...K.......Q....FGy......hSV..S.....L..K..R..V..L..L.K.V.....--....--....-....--....-.--.-.-.N.......................................H.H...I...S...L....M....Y....F....I....T....A....F....VALLVLINN.....QIIDI.E.Q.T.S..F.D.D.E.LYICL- R4LVA1.1/30-254 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A0A1X2LSS4.1/40-264 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P74212.1/16-259 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P35154.1/21-244 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V6SVU8.1/20-243 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E5WI67.1/23-247 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A0A429XCZ6.1/20-241 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